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J-GLOBAL ID：201802243303389086   整理番号：18A1196696

Cryptosporidiumのための新しいネストPCRベース法を確立するためのバイオ情報支援プライマー設計戦略の使用【JST・京大機械翻訳】

Use of a bioinformatic-assisted primer design strategy to establish a new nested PCR-based method for Cryptosporidium

著者 (7件)： Koehler Anson V. (Department of Veterinary Biosciences, Melbourne Veterinary School, Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, Australia) ,  Korhonen Pasi K. (Department of Veterinary Biosciences, Melbourne Veterinary School, Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, Australia) ,  Hall Ross S. (Department of Veterinary Biosciences, Melbourne Veterinary School, Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, Australia) ,  Young Neil D. (Department of Veterinary Biosciences, Melbourne Veterinary School, Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, Australia) ,  Wang Tao (Department of Veterinary Biosciences, Melbourne Veterinary School, Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, Australia) ,  Haydon Shane R. (Melbourne Water, Docklands, Australia) ,  Gasser Robin B. (Department of Veterinary Biosciences, Melbourne Veterinary School, Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences, The University of Melbourne, Parkville, Australia)
資料名： Parasites & Vectors (Web)  (Parasites & Vectors (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 509  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7341A  ISSN： 1756-3305  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】水集水域における糞便,水および/または土壌サンプルにおけるクリプトスポリジウムの正確な追跡は,ヒトへのクリプトスポリジウム伝染の潜在的リスクを管理するための戦略を開発するための中心である。この目的のために様々なPCRアッセイが用いられている。いくつかのアッセイは動物糞便試料中のクリプトスポリジウムDNAからの特異的増幅を達成するが,いくつかはそうではない。実際に,著者らは,核リボソームRNA遺伝子(SSU)の小サブユニットにおけるいくつかのオリゴヌクレオチドプライマーの非特異性を観察した。それは糞便サンプルからクリプトスポリジウム種と遺伝子型(分類群)の同定と分類に障害を提示した。【結果】新しい生物情報科学的アプローチを用いて,クリプトスポリジウム分類群の同定および/または分類のための効果的なネストPCRベースの配列決定法の基礎として,核リボソームRNA遺伝子(LSU)の大サブユニットにおけるオリゴヌクレオチドプライマーを特異的に設計するために,すべての利用可能なクリプトスポリジウムゲノム配列を探索した。【結論】この新しく確立されたPCRは,高い分析特異性と感度を有し,現在,著者らの研究室において,様々な同僚によって開発された他の分析と共に日常的に使用されている。ここで使用された現在の生物情報科学的ワークフローはクリプトスポリジウムの核DNAにおけるプライマーの特異的設計に対するものであるが,このアプローチは多くの他の微生物に広く適用されるべきである。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 動物 ,  サブユニット ,  *DNA【核酸】 ,  微生物 ,  遺伝子型 ,  PCR法 ,  ヒト ,  感染 ,  流域 ,  rRNA遺伝子 ,  ゲノム配列 ,  バイオインフォマティクス ,  分類群 ,  *クリプトスポリジウム属
準シソーラス用語： 特異性 ,  *Cryptosporidium , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： クリプトスポリジウム ,  バイオインフォマティクス ,  核リボソームRNA遺伝子(LSU)の大サブユニット ,  D8ドメイン ,  プライマ ,  ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (39件)：

• Exp Parasitol; Cryptosporidium: detection in water and food; HV Smith, RA Nichols; 124; 1; 2010; 61-79; 10.1016/j.exppara.2009.05.014; CR1;
• Water Res; Molecular-based investigation of Cryptosporidium and Giardia from animals in water catchments in southeastern Australia; MJ Nolan, AR Jex, AV Koehler, SR Haydon, MA Stevens, RB Gasser; 47; 5; 2013; 1726-1740; 10.1016/j.watres.2012.12.027; CR2;
• Parasit Vectors; Cryptosporidium and Giardia taxa in faecal samples from animals in catchments supplying the city of Melbourne with drinking water (2011 to 2015); AV Koehler, SR Haydon, AR Jex, RB Gasser; 9; 1; 2016; 315; 10.1186/s13071-016-1607-1; CR3;
• PLoS One; Zoonotic Cryptosporidium species in animals inhabiting Sydney water catchments; A Zahedi, P Monis, S Aucote, B King, A Paparini, F Jian; 11; 12; 2016; e0168169; 10.1371/journal.pone.0168169; CR4;
• Int J Parasitol Parasites Wildl; Public health significance of zoonotic Cryptosporidium species in wildlife: critical insights into better drinking water management; A Zahedi, A Paparini, F Jian, I Robertson, U Ryan; 5; 1; 2016; 88-109; 10.1016/j.ijppaw.2015.12.001; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： Cryptosporidium ,  ネスト ,  PCR ,  情報支援 ,  プライマー設計 ,  戦略