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J-GLOBAL ID：201802243540955935   整理番号：18A1903362

フィトクロームドメインへのbiliベルジンの共有結合における2つのシステイン間の競合【JST・京大機械翻訳】

Competition between two cysteines in covalent binding of biliverdin to phytochrome domains

著者 (3件)： Khrenova Maria G. (Department of Chemistry, Lomonosov Moscow State University, Leninskie Gory 1/3, Moscow, 119991, Russian Federation. [e-mail] [e-mail]) ,  Kulakova Anna M. ,  Nemukhin Alexander V.
資料名： Organic & Biomolecular Chemistry  (Organic & Biomolecular Chemistry)
巻： 16  号： 40  ページ： 7518-7529  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0499C  ISSN： 1477-0520  CODEN： OBCRAK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,分子モデリングの最新法を用いて細菌フィトクロームに対する蛋白質集合の競合化学反応の機構を明らかにした。近赤外蛍光蛋白質miRFP670の最近設計された変異体は,フィトクロムドメインGAFとPASのシステイン残基へのビリベルジン発色団の共有結合の新規で予想外の特徴を示す。蛋白質集合において,ビリベルジンはGAFからシステインと反応するか,2つのシステイン,1つはGAFから,1つはPASから反応する。miRFP670の蛋白質クレフト内の非共有結合ビリベルジン分子のモデル構造と共有結合のモデル反応を計算的に特性化した。システイン,Cys20(PAS)およびCys253(GAF)の両方は,ビリベルジンの求電子性C3~2原子の近くに位置し,求核試薬として作用することができる。GAFドメインからのCys253の求核攻撃は,16kcal/molの活性化エネルギーをもつ単一C-S結合形成をもたらす。2つのC-S結合を有するビリベルジン付加物をもたらすもう一つの経路は,11kcal/mol未満の低エネルギー障壁によって特徴付けられる。これらの反応経路間の競合は,両付加物の実験的に得られた混合物を説明した。フィトクロムドメインへの共有結合BV結合の最初のシミュレーションに基づいて,IR振動分光法を用いた反応機構の直接実験的検証のアプローチを提案した。Copyright 2018 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 反応経路 ,  発色団 ,  キャラクタリゼーション ,  細菌 ,  *共有結合 ,  化学反応 ,  近赤外線 ,  求核試薬 ,  *フィトクローム ,  反応機構 ,  ラクタム ,  ビニル化合物 ,  ジカルボン酸 ,  脂肪族アミン ,  チオール ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 求電子性 ,  非共有結合 ,  システイン残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： ペプチド  (CF10080G) ,  バイオアッセイ  (EA03060N)

物質索引 (2件)： ビリベルジン ,  システイン

タイトルに関連する用語 (5件)： ベル ,  ジン ,  共有結合 ,  システイン ,  競合