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J-GLOBAL ID：201802243619266129   整理番号：18A1381843

ヒト膜蛋白質型を予測するための相同性と擬似アミノ酸組成に基づくマルチラベルモデル【JST・京大機械翻訳】

A Homology and Pseudo Amino Acid Composition-based Multi-label Model for Predicting Human Membrane Protein Types

著者 (2件)： Huang Yanjun (College of Sport, Shaoyang University, Shaoyang, Hunan 422000, China) ,  Huang Guohua (College of Information Engineering, Shaoyang University, Shaoyang, Hunan 422000, China)
資料名： Current Proteomics  (Current Proteomics)
巻： 15  号： 2  ページ： 135-141  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3616A  ISSN： 1570-1646  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 不明 (ARE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:膜蛋白質は生物学的膜に埋め込まれ,それらと相互作用し,細胞過程における輸送材料から触媒相互作用への広範囲の役割を果たしている。膜蛋白質の機能は,それらが属するタイプと密接に関連している。膜蛋白質は1つ以上のタイプを同時に有するが,ほとんどの計算予測は1つのタイプのみを扱うことができる。【目的と方法】ギャップを架橋するために,著者らは,ヒト膜蛋白質型を予測するための配列相同性と擬似アミノ酸組成に基づくマルチラベル法を提案した。この方法は二段階決定である。最初に特性化されていない膜蛋白質を,既知のタイプの膜蛋白質から成るデータベースに対して整列させ,最も相同な膜蛋白質のタイプをそれに移した。それが相同膜蛋白質を持たないならば,擬似アミノ酸組成ベースの方法は,そのタイプを予測するために使用した。【結果】これらの3つのベンチマークデータセットに関するleave-one-out交差検証試験の予測精度は,それぞれ0.8817,0.8206および0.7276であり,著者らの以前のアルゴリズムより良かった。著者らは,訓練セットとして注釈型を有するヒト膜蛋白質を手動でレビューし,膜蛋白質のマルチラベル型を予測するためのプログラムMemPredを開発した。【結論】著者らは,膜蛋白質型を予測するためのマルチラベル計算法を提案し,より良い性能を達成した。提案した方法の利点は,一つ以上のタイプを同時に予測できることである。Copyright 2018 Bentham Science Publishers All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ベンチマーク ,  アノテーション ,  *ヒト ,  相互作用 ,  *アミノ酸組成 ,  アルゴリズム ,  触媒 ,  相同性 ,  配列相同性 ,  キャラクタリゼーション ,  *予測 ,  *膜タンパク質 ,  データベース
準シソーラス用語： 予測精度 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 発破 ,  膜蛋白質型 ,  多重ラベル ,  最近傍アルゴリズム ,  擬似アミノ酸組成 ,  配列相同性

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： ヒト ,  膜蛋白質 ,  予測 ,  相同性 ,  擬似 ,  アミノ酸組成