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J-GLOBAL ID：201802243697468318   整理番号：18A0786261

Furios: Fur遺伝子を用いたビブリオ科種の同定のためのWebベースのツール【JST・京大機械翻訳】

FurIOS: A Web-Based Tool for Identification of Vibrionaceae Species Using the fur Gene

著者 (7件)： Machado Henrique (Department of Biotechnology and Biomedicine, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby) ,  Machado Henrique (The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby) ,  Cardoso Joao (The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby) ,  Giubergia Sonia (Department of Biotechnology and Biomedicine, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby) ,  Giubergia Sonia (The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby) ,  Rapacki Kristoffer (Center for Biological Sequence Analysis, Department of Bioinformatics, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby) ,  Gram Lone (Department of Biotechnology and Biomedicine, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 414  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 一般的に使用されている16S rRNA遺伝子系統発生の限界に取り組むために,過去数十年間にわたってVibrionaceaeファミリーからの種の同定のための遺伝子ベースの方法が開発されてきた。最近,著者らは,鉄取り込み調節遺伝子(毛皮)が種識別を提供する単一同定マーカーとして使用できることを見出し,多重遺伝子座配列解析および全ゲノム系統発生と一致した。このマーカーのより広くて容易な利用を可能にするために,著者らはそれらのフルシーケンスに基づいてVibrionaceae種の同定を可能にするオンライン予測サービスを開発した。入力はWebサービスにアップロードできるDNA配列である。出力は,歪識別子,e値,および同じ種の高い確率を持つヒットのための緑で着色された列との一致の各々に対する同一性の割合を含む表である。サービスは,http://www.cbs.dtu.dk/サービス/furIOS-1.0/のウェブ上で利用可能である。フル配列は,ゲノム配列から,または,毛皮遺伝子をコードするゲノム領域のPCR増幅から誘導することができる。16S rRNA遺伝子配列に基づいてVibrionaceaeと同定された191株を用いて,PCR法と大規模データセット上のWebサービスを試験した。著者らは,種レベルで191株の171を分類することができ,20株は未分類のままであった。さらに,毛根系統発生学とそれに続くin silico DNA-DNAハイブリダイゼーションは,Vibrio splendidusとして以前に同定された2つの株(ATCC33789とZS-139)が,それぞれV.tasmaniensisとV.cyclitrophicusとより密接に関連していることを示した。FurIOSは,単一マーカーとして毛皮遺伝子を用いて,種レベルでVibrionaceae科から細菌の同定を可能にする使用が容易なオンラインサービスである。その単純な設計と簡単なパイプラインは,大学から産業までのあらゆる研究環境に適している。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 系統発生 ,  DNA【核酸】 ,  調節遺伝子 ,  PCR法 ,  *Vibrio ,  Webサービス ,  予測 ,  *遺伝子 ,  ゲノム ,  *Web【情報システム】
準シソーラス用語： in silico ,  ゲノム配列 ,  DNA配列 ,  16S rRNA ,  *Fur , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ビブリオ科 ,  ビブリオ ,  光細菌 ,  Fur遺伝子 ,  系統発生 ,  同定

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： fur遺伝子 ,  ビブリオ科 ,  同定 ,  Web ,  ツール