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J-GLOBAL ID：201802243697912953   整理番号：18A0713273

遺伝子の系統樹に対するGc3不均一性と節約情報部位のパターンと影響【JST・京大機械翻訳】

Patterns and effects of GC3 heterogeneity and parsimony informative sites on the phylogenetic tree of genes

著者 (6件)： Ma Shuai (Key Laboratory of Animal Ecology and Conservation Biology, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Ma Shuai (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Wu Qi (Key Laboratory of Animal Ecology and Conservation Biology, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Hu Yibo (Key Laboratory of Animal Ecology and Conservation Biology, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Wei Fuwen (Key Laboratory of Animal Ecology and Conservation Biology, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Wei Fuwen (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 655  ページ： 56-60  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムデータにおける爆発的成長は,系統樹に隠された相反するシグナルへの新しい洞察を提供した。いくつかの研究は系統樹に及ぼすGC含有量と節約情報部位(PIS)の影響を調べてきたが,異なる種間の第一/第二/第三コドン位置でのGC含量の不均一性の影響,系統樹構築に及ぼすPISの影響はほとんど調べられていない。ここでは,2つの異なる哺乳類ゲノムデータセットを用いて,GC1/2/3_PIS不均一性のパターンおよび遺伝子の系統樹に及ぼすPISの影響を調査した。(i)すべてのGC1/2/3_PISは異なる哺乳類間で明らかな不均一性を有し,不均一性のレベルはGC3_PIS>GC2_PIS>GC1_PIS;(ii)PISの数は「良い」遺伝子ツリートポロジーの計量と正の相関があり,第3のコドン位置(C3)を除くと,多くのPISを除去することにより遺伝子ツリーの品質を低下させる。これらの結果は,哺乳類におけるGC1/2/3_PISの不均一性パターンおよびGC3/PISと遺伝子樹の間の関係に新しい洞察を提供し,さらに,遺伝子樹の質を改善するために,特にスーパーツリー法においてC3を除外する必要があることを注意深く考慮する必要がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： コドン ,  品質 ,  *系統樹 ,  *不均一性 ,  哺乳類 ,  *遺伝子
準シソーラス用語： GC含量 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： GC含量 ,  異質性 ,  節約情報サイト ,  遺伝子ツリー ,  哺乳類

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子 ,  系統樹 ,  不均一性 ,  節約