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J-GLOBAL ID：201802244098525595   整理番号：18A1428501

全ゲノムデータに基づくザリガニペスト(Aphanomyces astaci)の原因物質の新しい遺伝子型決定法【JST・京大機械翻訳】

New genotyping method for the causative agent of crayfish plague (Aphanomyces astaci) based on whole genome data

著者 (6件)： Minardi Diana (Biosciences, University of Exeter, Stocker Road, EX4 4QD Exeter, UK) ,  Minardi Diana (Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science (Cefas), Barrack Road, DT4 8UB Weymouth, UK) ,  Studholme David J. (Biosciences, University of Exeter, Stocker Road, EX4 4QD Exeter, UK) ,  van der Giezen Mark (Biosciences, University of Exeter, Stocker Road, EX4 4QD Exeter, UK) ,  Pretto Tobia (National Reference Laboratory for Fish, Crustacean and Mollusc Pathologies, Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe), Viale dell’Universita, 10, 35020 Legnaro, Padova, Veneto, Italy) ,  Oidtmann Birgit (Centre for Environment, Fisheries and Aquaculture Science (Cefas), Barrack Road, DT4 8UB Weymouth, UK)
資料名： Journal of Invertebrate Pathology  (Journal of Invertebrate Pathology)
巻： 156  ページ： 6-13  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0632A  ISSN： 0022-2011  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 卵菌類Aphanomyces astaciは,ヨーロッパ淡水ザリガニ種の最も重要な病気であるザリガニペストを引き起こす。北アメリカザリガニの輸入により150年前にヨーロッパに導入された可能性があり,A.astaciはヨーロッパザリガニ種に高度に病原性である。5つの遺伝子型(A,B,C,DおよびE)を,A.astaci純粋培養からのランダム増幅多型DNA分析(RAPD-PCR)に基づいて定義した。遺伝子型の区別はザリガニに関する分子疫学研究を行うための必須ツールであり,ヨーロッパにおけるこの疾患の歴史と広がりを明らかにし,より良く理解するために使用されてきた。RAPD-PCRは純粋培養分離株からのDNAを必要とするが,臨床試料から抽出されたDNAに適用できる遺伝子タイピングツールの開発は,歴史的試料を再訪問することを含む遺伝子タイピング研究のより広い応用を可能にする。本研究では,臨床ザリガニ試料からA.astaci株を直接遺伝子タイピングするために現在利用可能な方法を追加する新しいアプローチを提示した。現在知られているすべての遺伝子型を代表するA.astaci株の全ゲノム配列決定を用い,遺伝子型特異的プライマーによる増幅後のPCR産物の存在/不在に焦点を当てて,それぞれの遺伝子型に特有のゲノム領域を同定した。著者らの診断方法論は,純粋なA.astaci培養,他のAphanomyces種および追加の卵菌類からのDNA抽出物,最近のイタリアのザリガニのペスト発生からの試料,および環境,漁業および水産養殖研究所のセンターで利用可能な追加の歴史的試料を用いて試験した。新しいマーカーは,最近の発生からの純粋培養および臨床試料に対して信頼性があり,遺伝子型A,B,DおよびEの識別に成功した。遺伝子型Cに対するマーカーは,遺伝子型を確認するために生成されたPCR産物の付加的配列決定段階を必要とした。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  DNA【核酸】 ,  *遺伝子型 ,  ヨーロッパ ,  イタリア共和国 ,  病原性 ,  *ザリガニ類 ,  淡水 ,  養殖 ,  培養
準シソーラス用語： DNA抽出 ,  遺伝子タイピング ,  純粋培養 ,  *ペスト ,  *Aphanomyces , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Aphanomyces astaci ,  ザリガニペスト ,  遺伝子タイピング

分類 (2件)： 魚類以外の水産動物  (FH02030V) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  ザリガニ ,  ペスト ,  原因 ,  物質 ,  遺伝子型決定法