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J-GLOBAL ID：201802244680126520   整理番号：18A0805776

RNA-seqに基づくスダングラスにおける干ばつ関連遺伝子およびSSRマーカーのトランスクリプトーム同定【JST・京大機械翻訳】

Transcriptomic Identification of Drought-Related Genes and SSR Markers in Sudan Grass Based on RNA-Seq

著者 (14件)： Zhu Yongqun (Department of Grassland Science, Animal Science and Technology College, Sichuan Agricultural University) ,  Zhu Yongqun (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Wang Xia (Department of Grassland Science, Animal Science and Technology College, Sichuan Agricultural University) ,  Huang Linkai (Department of Grassland Science, Animal Science and Technology College, Sichuan Agricultural University) ,  Lin Chaowen (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Zhang Xinquan (Department of Grassland Science, Animal Science and Technology College, Sichuan Agricultural University) ,  Xu Wenzhi (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Peng Jianhua (Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Li Zhou (Department of Grassland Science, Animal Science and Technology College, Sichuan Agricultural University) ,  Yan Haidong (Department of Grassland Science, Animal Science and Technology College, Sichuan Agricultural University) ,  Luo Fuxiang (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Wang Xie (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Yao Li (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences) ,  Peng Dandan (Soil and Fertilizer Research Institute, Sichuan Academy of Agricultural Sciences)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 8  ページ： 687  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： スーダングラス(Sorghum sudanense)は牧草,乾草およびサイレージとして広く使われている年間温暖期イネ科牧草である。しかし,干ばつストレスはその収量に大きく影響し,スーダングラスにおける干ばつ耐性のメカニズムに関する情報は限られている。本研究において,次世代配列決定を用いて,スーダングラス品種Wulate NO.1における差次的発現遺伝子(DEG)を同定し,干ばつストレスに関連する単純配列反復(SSR)マーカーを開発した。852,543,826の生の読み取りから,ほぼ816854,366のクリーンな読み取りが同定され,分析に使用された。コード配列(CDSs)として同定された45,065の単一遺伝子(55.9%)を含むクリーンな読み取りのde novo集合により,全部で80,686の単一遺伝子が得られた。遺伝子オントロジー解析によると,31,444の単一遺伝子が注釈され,11778の単一遺伝子が蛋白質(KOG)分類群のクラスタにおける25のカテゴリーに同定された。そして,11,223の単一遺伝子はGenとゲノム(KEGG)経路の280の京都Encyclopediaに割り当てられた。さらに,25%ポリエチレングリコール(PEG)処理の短期下では2,329DEGがあったが,25%PEG処理の長期下では5101DEGが同定された。DEGは光合成生物における炭素固定の経路と乾燥ストレスの短期における主要な役割を担う植物ホルモンシグナル伝達に富んでいた。しかし,DEGは主に植物ホルモンシグナル伝達経路に富んでおり,乾燥ストレスの長期下で重要な役割を果たしている。正確さを増加させるために,すべての対照のすべてのDEGを除外し,特に,高PEG濃度に関連する5つのDEGをRNA-Seqを通して見出した。すべての5つの遺伝子は乾燥ストレス下で上方制御されたが,遺伝子の機能は不明のままである。加えて,80,686の単一遺伝子から得られた17548のSSRを同定した。新しく同定された耐干性DEGはトランスジェニック育種努力に寄与し,一方,高スループットトランスクリプトームデータから開発されたSSRはスーダングラスにおける全ての形質に対するマーカー支援選抜を促進する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アップレギュレーション ,  耐干性 ,  育種 ,  スーダングラス ,  品種 ,  植物ホルモン ,  タンパク質 ,  *遺伝子 ,  *干ばつ ,  *トランスクリプトーム ,  炭酸同化 ,  スーダン共和国 ,  ゲノム
準シソーラス用語： 乾燥ストレス ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： スーダンの草 ,  次世代シークエンシング ,  異なる発現遺伝子 ,  単純配列反復マーカー ,  PEG

分類 (1件)： 飼料作物,草地  (FC03050J)

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA-seq ,  干ばつ ,  遺伝子 ,  SSRマーカー ,  トランスクリプトーム ,  同定