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J-GLOBAL ID：201802245724124705   整理番号：18A1382606

DNA配列における結合確率モデル【JST・京大機械翻訳】

A Joint Probabilistic Model in DNA Sequences

著者 (1件)： Liu Huili (Guangdong Provincial Key Laboratory of Protein Function and Regulation in Agricultural Organisms, College of Life Sciences, South China Agricultural University, Guangzhou, China)
資料名： Current Bioinformatics  (Current Bioinformatics)
巻： 13  号： 3  ページ： 234-240  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2353A  ISSN： 1574-8936  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 不明 (ARE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:DNA配列を比較し分析するためのほとんどの既存の方法は,多重配列アラインメント(MSA)アルゴリズムを使用する。しかしながら,MSAに必要な計算時間は通常非常に長く,長いDNA配列の大きなグループを分析することは不可能である。目的:ここでは,DNA配列を迅速に特性化し比較するための新しい計算法を提案する。方法:関節確率の数学的概念に基づくDNA配列の新しい二次元(2D)グラフ表現を構築した。ジヌクレオチドは,2つのヌクレオチドの符号化確率の積によって割り当てられ,それは,研究された種の選択に全く依存しない。【結果】著者らは,3つの実際のDNAデータセットの間で類似性/非類似性分析を実行する。11の動物種のβ-グロビン遺伝子の最初のエキソン,11種の開花植物のリブロース二リン酸カルボキシラーゼ小鎖(rbcS)遺伝子,および11の哺乳類種のミトコンドリアゲノム配列である。結論:著者らの結果は,文献における既存の生物学的分析と一致する。また,この手法をMSAアルゴリズムと比較し,非常に高速でより効果的である。Copyright 2018 Bentham Science Publishers All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  アルゴリズム ,  哺乳類 ,  *DNA【核酸】 ,  *確率モデル ,  符号化 ,  二次元 ,  類似性 ,  ジヌクレオチド ,  キャラクタリゼーション ,  ヌクレオチド ,  開花 ,  高速度
準シソーラス用語： 非類似性 ,  *DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： グラフ表現 ,  ジヌクレオチド ,  数値特性化 ,  類似性/非類似性 ,  系統樹 ,  開花植物

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (2件)： DNA配列 ,  確率モデル