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J-GLOBAL ID：201802245923533833   整理番号：18A1588295

非分極性および分極性CHARMM力場によるβシートの折畳み自由エネルギー景観【JST・京大機械翻訳】

Folding free energy landscapes of β-sheets with non-polarizable and polarizable CHARMM force fields

著者 (4件)： Hazel Anthony J. (School of Physics, Georgia Institute of Technology, Atlanta, Georgia 30332, USA) ,  Walters Evan T. (Department of Chemistry, Memorial University of Newfoundland, St. John’s, Newfoundland and Labrador A1B3X7, Canada) ,  Rowley Christopher N. (Department of Chemistry, Memorial University of Newfoundland, St. John’s, Newfoundland and Labrador A1B3X7, Canada) ,  Gumbart James C. (School of Physics, Georgia Institute of Technology, Atlanta, Georgia 30332, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 149  号： 7  ページ： 072317-072317-11  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ペプチドと蛋白質の分子動力学(MD)シミュレーションは,多くの生物学的過程に原子レベルの詳細を提供するが,洞察の程度はそれらを表すために使用される力場の精度に依存する。蛋白質折畳みは,蛋白質の折畳み状態立体配座の正確な再生とシミュレーションにおける折畳み過程の速度論が長年の目標である重要な例である。多くの最近の成功があるが,二次構造要素に対する折畳みの完全な複雑さを捉えるには挑戦が残っている。本研究では,全原子MDシミュレーションを用いて,連鎖球菌蛋白質G(GB1)のB1ドメインのC末端βヘアピンのような要素の折畳み特性を研究した。レプリカ交換アンブレラサンプリングシミュレーションを用いて,2つの固定電荷CHARMM力場,CHARMM36とCHARMM22*の折畳み自由エネルギー,および以前にαヘリックスペプチドの折畳み特性を改善することが示されているCHARMMDrude-2013モデルを調べた。CHARMM22*及びDrude-2013モデルはGB1折畳みの実験研究と粗く一致したが,CHARMM36はβヘアピンを過剰安定化した。付加的自由エネルギー計算は,Drude-2013モデルにおける原子分極率への小さな調整が,α-ヘリックスを適切に折畳むモデルの能力に有意に影響することなく,GB1の骨格溶解度と折畳み特性の両方を改善できることを示した。また,C36モデルにおいてβヘアピンを過剰安定化するβターン領域における非天然塩橋を同定した。最後に,トリプトファン蛍光が完全なβヘアピン折畳み経路を捕捉するのに不十分であることを示した。Copyright 2018 AIP Publishing LLC All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ペプチド ,  *折畳み ,  速度論 ,  *β構造 ,  *力の場 ,  シミュレーション ,  タンパク質 ,  モデル ,  分子動力学 ,  立体配座 ,  *自由エネルギー ,  *分極
準シソーラス用語： αヘリックス ,  ベータヘアピン構造 ,  蛋白質折畳み , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分極 ,  CHARMM ,  力場 ,  折畳み ,  自由エネルギー ,  景観