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文献
J-GLOBAL ID:201802245964743244   整理番号:18A0791890

走化性受容体のリガンドのロジスティック回帰は細菌による認識に関する手掛かりを提供する【JST・京大機械翻訳】

Logistic Regression of Ligands of Chemotaxis Receptors Offers Clues about Their Recognition by Bacteria
著者 (8件):
資料名:
巻:ページ: 88  発行年: 2017年 
JST資料番号: U7059A  ISSN: 2296-4185  資料種別: 逐次刊行物 (A)
記事区分: 原著論文  発行国: スイス (CHE)  言語: 英語 (EN)
抄録/ポイント:
抄録/ポイント
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シグナル伝達経路の相対的な単純さのため,細菌走化性感覚系はバイオセンサに応用されると期待されている。タール及びTsr受容体は大腸菌の走化性を仲介し,細菌2膜貫通受容体による化学療法のモデルとして広く研究されている。このような研究は典型的には2つの正準配位子を用いて行われている:Tarに対するL-アスパラギン酸とTsrに対するL-セリン。しかしながら,TarとTsrはアスパラギン酸とセリンの種々の類似体も認識する;正準配位子が認識される機構が類似体に共通であるかどうかは不明のままである。さらに,工学に関しては,広範囲の物質に対するセンサとして細菌受容体を利用するために,受容体の単一種を知ることは,種々のリガンドを認識することが重要である。これらの質問に答えるために,機械学習に基づく分類モデルを構築することにより,異なる類似体の認識に共通する特徴を抽出することを試みた。著者らは,化学受容体として作用する38のよく知られた誘引物質と15の既知の非誘引物質のそれぞれについて20の物理化学的パラメータを計算した。分類モデルは,記述子として7つの物理化学的性質の1つ以上を利用することによって生成された。分類モデルから,分類のための最も有効な物理化学的パラメータを同定した:最小電子ポテンシャル。最も高い精度を持つ分類モデルで繰り返し起こるこの記述子は,単独で使用されたこの記述子は,化合物の42/53を正確に分類できた。11の誤分類化合物の中で,8つは2つのカルボキシル基を含み,アスパラギン酸類似体の特性の構造に類似していた。別々に考えると,17のアスパラギン酸類似体のうち16は,それらの2つのカルボキシル基間の距離に基づいて正確に分類できた。これらの結果で示されたように,少数の記述子のみを用いて細菌化学受容体のリガンドを予測することに成功した。単一受容体の単一記述子。この結果は,7膜貫通受容体のG蛋白質共役受容体と比較して,細菌2膜貫通受容体の比較的単純なトポロジーによる可能性がある。さらに,カルボキシル基間のこの距離はアスパラギン酸類似体の受容体結合親和性と相関した。この相関を考慮して,2つのカルボキシル基を持つ化合物のTarによるリガンド認識の基礎となる共通機構を提案した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】
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微生物生理一般 
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