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J-GLOBAL ID：201802246036213714   整理番号：18A0965928

Phaseolus vulgarisとGlycine maxにおける選択的スプライシング事象の同定と分析【JST・京大機械翻訳】

Identification and analysis of alternative splicing events in Phaseolus vulgaris and Glycine max

著者 (4件)： Iniguez Luis P. (Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM), Cuernavaca, Mexico) ,  Ramirez Mario (Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM), Cuernavaca, Mexico) ,  Barbazuk William B. (Department of Biology, University of Florida, Gainesville, USA) ,  Hernandez Georgina (Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM), Cuernavaca, Mexico)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 650  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:真核細胞における蛋白質の広範な多様化は,一次転写産物の選択的スプライシング(AS)をもたらす単一遺伝子からの複数の転写産物アイソフォームと関連している。発現配列タグおよび次世代RNA配列決定からのRNA配列決定データの解析は,AS同定およびゲノムワイドAS研究にとって重要である。関連するマメ科植物種Phaseolus vulgarisとGlycine max,157と88の公的に利用可能なRNA-seqライブラリーからのASイベントの同定を分析した。【結果】著者らは,G.maxから発現した遺伝子の72%におけるP.vulgarisからの85,570のASイベント,および発現した遺伝子の70%における134,316のASイベントを同定した。これらは,イントロン保持を伴う7つのASイベントタイプに分類され,最も豊富であり,代替受容体と代替ドナーが続き,両植物における全てのASイベントの~75%を占めた。2つの種間の相同遺伝子におけるASイベントの保存を分析し,5′UTR領域に影響するASの過剰発現をある種のASイベントに対して観察した。ASイベントの保存は,RT-PCR分析を通して8つの選択された遺伝子に対して実験的に検証された。異なるタイプのASイベントも遺伝子の相対位置によって変化した。結果は両種で一致した。結論:ASイベントの同定と分析は,それらの生物学的関連性を理解するための最初のステップである。2つの関連するマメ科植物種から得られた結果は,高い保存性を示し,15~20MY以上の発散を示し,ASの生物学的関連性を示す可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： イントロン ,  *ダイズ属 ,  タンパク質 ,  RNA【核酸】 ,  RT-PCR法 ,  遺伝子 ,  真核細胞 ,  *ダイズ ,  *インゲンマメ ,  *選択的スプライシング ,  マメ科
準シソーラス用語： 相同遺伝子 ,  発現配列タグ ,  アイソフォーム ,  転写産物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 選択的スプライシング ,  選択的スプライシングの保存 ,  RNA-seq ,  マメ科 ,  インゲンマメ ,  ダイズ

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (66件)：

• Mol Cell; Pre-mRNA splicing: awash in a sea of proteins; MS Jurica, MJ Moore; 12; 2003; 5-14; 10.1016/S1097-2765(03)00270-3; CR1;
• BioEssays; The spliceosome: the most complex macromolecular machine in the cell?; TW Nilsen; 25; 2003; 1147-1149; 10.1002/bies.10394; CR2;
• Biol Direct Biology Direct; Origin and evolution of spliceosomal introns; IB Rogozin, L Carmel, M Csuros, EV Koonin; 7; 2012; 1; 10.1186/1745-6150-7-1; CR3;
• Irimia M, Roy SW. Origin of spliceosomal introns and alternative splicing. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2014;6
• J Mol Sci; hnRNP A1: the Swiss Army knife of gene expression. Int; J Jean-Philippe, S Paz, M Caputi; 14; 2013; 18999-19024; 10.3390/ijms140918999; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： Phaseolus ,  Glycine ,  Max ,  選択的スプライシング ,  事象 ,  同定 ,  分析