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J-GLOBAL ID：201802246688841624   整理番号：18A0786220

Klebsiella pneumoniaeの全ゲノム配列に基づくタイピングのためのコアゲノム多遺伝子座配列タイピングスキームの定義と評価【JST・京大機械翻訳】

Defining and Evaluating a Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme for Whole-Genome Sequence-Based Typing of Klebsiella pneumoniae

著者 (7件)： Zhou Haijian (State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Centre for Disease Control and Prevention) ,  Zhou Haijian (Collaborative Innovation Centre for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases) ,  Liu Wenbing (Novogene Bioinformatics Technology Co. Ltd) ,  Qin Tian (State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Centre for Disease Control and Prevention) ,  Qin Tian (Collaborative Innovation Centre for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases) ,  Liu Chen (Novogene Bioinformatics Technology Co. Ltd) ,  Ren Hongyu (State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Centre for Disease Control and Prevention)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 371  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 現在,Klebsiella pneumoniaeサブタイピングのための最も使用される方法は,多座配列タイピング(MLST)とパルス電場ゲル電気泳動(PFGE)である。しかし,MLSTの識別力は,発生と非発生分離株を区別する必要性を満たすことができず,PFGEは時間がかかり,労働集約的である。K.pneumoniaeの全ゲノム配列に基づくタイピングのためのコアゲノム多遺伝子座配列タイピング(cgMLST)スキームを,これらの伝統的な分子サブタイピング法の欠点を解決するために開発した。まず第一に,著者らは,KgMLST標的遺伝子を決定するためのオリジナルのゲノムデータセットとして,K.pneumoniae株HKUOPLCの完全ゲノムを参照ゲノムとして用い,K.pneumoniaeの907ゲノムをNCBIデータベースからダウンロードした。全部で1,143の遺伝子がcgMLST標的遺伝子として保持された。第二に,院内感染発生からの26の肺炎桿菌株を用いて,cgMLST schemme.cgMLSTを評価した。cgMLSTは,<10の対立遺伝子差を伴う発生株のクラスター化と,無関係なグループ外株からの明白な分離を可能にした。さらに,cgMLSTは,流行ST11クローンのいくつかのサブクローンがある可能性があることを明らかにした。結論として,新しいcgMLST方式は,発生調査においてPFGEおよびMLSTと比較してより高い識別力を示すだけでなく,MLSTより多くの個体群構造特性を明らかにする能力も示した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ化 ,  クローン ,  パルスフィールドゲル電気泳動 ,  *遺伝子 ,  データベース ,  *肺炎桿菌 ,  院内感染 ,  *ゲノム ,  対立遺伝子
準シソーラス用語： *ゲノム配列 ,  個体群構造 ,  標的遺伝子 ,  分離株 ,  *タイピング ,  *多座位配列タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： コアゲノム多遺伝子座配列タイピング ,  Klebsiella pneumoniae ,  全ゲノム配列 ,  発生調査 ,  集団構造解析

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  微生物の生化学  (EG03020N) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： Klebsiella ,  ゲノム ,  配列に基づくタイピング ,  コア ,  多遺伝子座配列タイピング ,  スキーム ,  定義 ,  評価