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J-GLOBAL ID：201802246921423259   整理番号：18A1309678

底生無脊椎動物の堆積物EDNAに基づく検出に及ぼす処理試料重量とDNAマーカー長の影響【JST・京大機械翻訳】

Effects of treated sample weight and DNA marker length on sediment eDNA based detection of a benthic invertebrate

著者 (3件)： Wei Nan (Department of Urban Engineering, The University of Tokyo, Hongo 7-3-1, Bunkyo-ku, Tokyo 113-8656, Japan) ,  Nakajima Fumiyuki (Department of Urban Engineering, The University of Tokyo, Hongo 7-3-1, Bunkyo-ku, Tokyo 113-8656, Japan) ,  Tobino Tomohiro (Environmental Science Center, The University of Tokyo, Hongo 7-3-1, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan)
資料名： Ecological Indicators  (Ecological Indicators)
巻： 93  ページ： 267-273  発行年： 2018年 
JST資料番号： A1221A  ISSN： 1470-160X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水試料からの環境DNA(eDNA)は魚類のような水生脊椎動物を監視するために使用されてきたが,堆積物を生息させ,水質の指標としてしばしば用いられる底生無脊椎動物に焦点を当てた研究はほとんどない。堆積物試料からeDNAにより底生無脊椎動物を検出する方法を確立するための基礎研究が必要である。堆積物における底生無脊椎動物の検出に及ぼすDNAマーカー長と堆積物試料重量の影響を明らかにするために,野外サイトと実験室から採取した堆積物試料の異なる重量(0.25g,1g,2.5g,5g)から抽出したDNAを分析するために,河口底生端脚類Grandidierella japonicaのミトコンドリアDNAから2つのDNAマーカー配列(126bpと358bp)を開発した。DNA抽出効率は,0.25g,2.5gおよび5gの試料重量と比較して,1gの試料重量に対して安定で高かった。定量的PCR分析に基づいて,短いマーカーのコピー数は長いマーカーより12.1倍高かった。コピー数におけるそのような12.1倍の差は,より短いマーカーの陽性の従来のPCR複製の割合が,より長いマーカーのそれより高いことを引き起こした。さらに,線形混合効果モデル分析は,正の従来のPCR複製の割合が,マーカー長さに負に関連し,堆積物重量と正の相関があることを示した。本研究は,より短いマーカーとより大きな処理試料重量が,従来のPCRによる定性分析に適していることを示した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 端脚類 ,  河口 ,  *堆積物 ,  定量的PCR法 ,  *脊椎動物 ,  水質 ,  コピー数 ,  水試料 ,  *DNAマーカー ,  *DNA【核酸】 ,  定性分析 ,  線形性
準シソーラス用語： DNA抽出 ,  ミトコンドリアDNA ,  *底生無脊椎動物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 環境DNA ,  底生無脊椎動物 ,  堆積物 ,  DNA断片長 ,  QPCR

分類 (3件)： 湖沼汚濁  (SB02030Q) ,  農薬  (SB05030L) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 底生無脊椎動物 ,  堆積物 ,  EDNA ,  試料 ,  DNAマーカー