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J-GLOBAL ID：201802247086953339   整理番号：18A0069776

ゲノムワイド関連研究によるBrucella spp.の遺伝的変異体の同定【Powered by NICT】

Identification of genetic variants of Brucella spp. through genome-wide association studies

著者 (4件)： Sankarasubramanian Jagadesan (Department of Genetics, School of Biological Sciences, Madurai Kamaraj University, Madurai 625021, Tamil Nadu, India) ,  Vishnu Udayakumar S. (Department of Genetics, School of Biological Sciences, Madurai Kamaraj University, Madurai 625021, Tamil Nadu, India) ,  Gunasekaran Paramasamy (Vice-Chancellor, VIT University, Bhopal,2016a, Madhya Pradesh, India) ,  Rajendhran Jeyaprakash (Department of Genetics, School of Biological Sciences, Madurai Kamaraj University, Madurai 625021, Tamil Nadu, India)
資料名： Infection, Genetics and Evolution  (Infection, Genetics and Evolution)
巻： 56  ページ： 92-98  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1228A  ISSN： 1567-1348  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ブルセラ症はBrucella spp.による重要な人畜共通感染症である。アライメントフリーk-merアプローチにより決定したゲノムワイド一塩基多型(SNP)に基づく552株の系統発生を示した。全部で138,029のSNPが552Brucellaゲノムから同定した。これらのうち,31,152および106,877は,コアと非コアSNPであった。パンゲノム解析に基づいて11,937及び972の遺伝子がパンおよびコアゲノムと同定した。パンゲノムワイド解析研究(Pan GWAS)はBrucella spp.における群特異的変異体を同定できなかった。,Brucella spp.における種特異的な遺伝的決定因子を同定するためにSNPベースの全ゲノム関連研究(SNP GWAS)に焦点を当てた。十一認識Brucella spp.を代表する系統樹16主要系列を示した。311B.abortusゲノムに保存されているBrucella abortusにおける143種特異的SNPを同定した。これらのうち,141種特異的SNPはSNP GWASを用いたB.abortusの正の有意なSNPの限定された。調べたすべてのB.abortusゲノムに保存されているので,これらのSNPはB.abortusの進化の間非常に早く発生した可能性があり,牛優先宿主としてB.abortusの進化の原因である可能性がある。同様に,132個のBrucella melitensisのゲノムに保存されている383種特異的SNPを同定した。これら三百七十九の種特異的SNPはGWASを用いて正に関連すると同定された。興味深いことに,形質と有意に関連し,正であることがSNPの>98%が100%の感度と100%の特異性を示した。Brucellaゲノムで同定されたこれらの同定された種特異的コアSNPはスペシエーションとそれらのそれぞれの宿主適応に関与していた。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 人獣共通感染症 ,  *遺伝 ,  *ゲノム ,  ウシ流産菌 ,  スペシエーション ,  一塩基多型 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  系統発生 ,  系統樹 ,  *Brucella
準シソーラス用語： 特異性 ,  Brucella melitensis ,  決定因子 ,  ゲノミクス ,  ブルセラ症 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Brucella ,  SNP ,  Phylogeny ,  アラインメントフリー ,  Pan GWAS ,  SNP GWAS

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  研究 ,  Brucella ,  SPP ,  遺伝的変異体 ,  同定