Illumina配列決定によるRhododendron rex Levl.におけるトランスクリプトームのde novo集合と新規EST-SSRマーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Zhang Yue; Zhang Xue; Wang Yue-Hua; Shen Shi-Kang

文献

J-GLOBAL ID：201802247258615253 整理番号：18A0806718

Illumina配列決定によるRhododendron rex Levl.におけるトランスクリプトームのde novo集合と新規EST-SSRマーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

De Novo Assembly of Transcriptome and Development of Novel EST-SSR Markers in Rhododendron rex Levl. through Illumina Sequencing

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資料名：
巻： 8 ページ： 1664 発行年： 2017年
JST資料番号： U7094A ISSN： 1664-462X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

次世代配列決定(NGS)技術により生成されるトランスクリプトーム配列は,異なる植物から多数の遺伝子ベースのマイクロサテライトを迅速に検出し,特性化するために利用できる。Rhododendron rex Levl.は,中国南西部に固有の高い観賞価値を持つ,Ericaceae科と絶滅危惧植物からの多年生木質種である。それにもかかわらず,R.rexの遺伝的およびゲノム情報は不明のままである。本研究では,R.rex葉試料のトランスクリプトーム配列決定を行い,機能的特性化と遺伝子関連SSRマーカーの開発のための大きな転写配列を作成した。全部で164,242の単一遺伝子を組み立て,115,089(70.07%)の単一遺伝子を公開データベースで成功裏に注釈した。さらに,全部で15314の潜在的EST-SSRが同定され,R.rexの単一遺伝子におけるSSRの頻度は9.32%であり,平均は5.65kbであった。最も豊富なタイプは二ヌクレオチド(54.63%)を繰り返し,続いてモノ-(26.03%)とトリ-ヌクレオチド(18.51%)反復であった。SSR含有配列に基づいて,100のプライマー対をランダムに選択し,合成し,多型の評価に用いた。36のプライマー対は多形で,4つのR.rex集団から20の個体の間で多型を明らかにした。全部で197の対立遺伝子が同定され,遺伝子座当たり平均5.472の対立遺伝子があった。多型情報量は0.154~0.870の範囲であり,平均は0.482であった。新たに開発したEST-SSRマーカーは,6つの亜属の間で高い移動性(58.33~83.33%)を示した。このように,開発したこれらの新規EST-SSRマーカーは,R.rexとその関連種の個体群構造,遺伝的多様性分析,および遺伝資源評価のための価値ある配列資源を提供する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学 , 遺伝子発現

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