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J-GLOBAL ID：201802247908859689   整理番号：18A0965953

高等シロアリ腸ミクロビオームのリグノセルロース分解能を研究するためのメタ転写法の最適化【JST・京大機械翻訳】

Optimization of a metatranscriptomic approach to study the lignocellulolytic potential of the higher termite gut microbiome

著者 (8件)： Marynowska Martyna (Luxembourg Institute of Science and Technology, Belvaux, Luxembourg) ,  Goux Xavier (Luxembourg Institute of Science and Technology, Belvaux, Luxembourg) ,  Sillam-Dusses David (Institute of Research for Development - Sorbonne Universites, Institute of Ecology and Environmental Sciences - Paris, Bondy, France) ,  Sillam-Dusses David (University Paris 13 - Sorbonne Paris Cite, Laboratory of Experimental and Comparative Ethology, Villetaneuse, France) ,  Rouland-Lefevre Corinne (Institute of Research for Development - Sorbonne Universites, Institute of Ecology and Environmental Sciences - Paris, Bondy, France) ,  Roisin Yves (Universite Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium) ,  Delfosse Philippe (Luxembourg Institute of Science and Technology, Belvaux, Luxembourg) ,  Calusinska Magdalena (Luxembourg Institute of Science and Technology, Belvaux, Luxembourg)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 681  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】数百万年以上にわたって開発された特異的適応に対して,より高いシロアリ共生システムのリグニン,セルロースおよびヘミセルロース分解の効率は,環境を利用している多くの他のリグノセルロースのそれを超えている。特に,その共生微生物の検査は,産業にとって主要な興味がある興味ある炭水化物活性酵素を明らかにするべきである。これまでのメタトランの報告(ハイスループットmRNA配列)は,シロアリ後腸消化管におけるセルロースとヘミセルロース分解遺伝子の高い表現と過剰発現を強調し,新しい酵素の探索におけるこの技術の可能性を示す。それにもかかわらず,材料試料採取とライブラリー調製段階に関連するいくつかの因子は,シロアリ消化管原核生物共生体のメタトラン的研究を困難にしている。【方法】本研究において,著者らは,最初に,より高いシロアリ腸共生細菌の多様性および変性に及ぼす全シロアリ腸および管腔液を含むサンプリング戦略の影響を調べた。第二に,著者らは最良の細菌mRNA濃縮戦略のために2つのライブラリー調製パイプラインで結合された異なる商業的に利用可能なキットを評価した。【結果】著者らは,サンプリング戦略が,微生物の表現とそれらのトランスクリプトームプロファイルの両方に関して,発生した結果に有意に影響しないことを示した。それにもかかわらず,管腔液の収集は宿主起源の望ましくないRNA種の共増幅を減少させる。さらに,4つの研究した高等シロアリ種に対して,ポリ(A)Purist MAGキットと組み合わせたライブラリー調製パイプラインは,研究したパイプラインの系統的なゆがみを示さず,より高いシロアリ腸共生細菌のメタトラン性プロファイルに対するサンプリング戦略とライブラリー調製ステップの影響を広範囲に評価した。提示した方法論的アプローチは,より高いシロアリ腸内細菌叢の変性的研究を強化し,新しい炭水化物活性酵素を明らかにするための大きな可能性を有している。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *最適化 ,  共生 ,  酵素 ,  リグニン ,  *分解能 ,  原核生物 ,  *シロアリ ,  *セルロース ,  ヘミセルロース ,  遺伝子 ,  細菌 ,  *リグノセルロース ,  mRNA
準シソーラス用語： 過剰発現 ,  消化管 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 炭水化物活性酵素(Cazyme) ,  シロアリ ,  メタトランスクリプトミクス ,  ミクロビオーム ,  mRNA富化 ,  シロアリ腸

分類 (3件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  生物燃料及び廃棄物燃料  (LB02020Y) ,  微生物生理一般  (EG03051L)

引用文献 (57件)：

• Front Genet; Omic research in termites: an overview and a roadmap; ME Scharf; 6; 2015; 76; 10.3389/fgene.2015.00076; CR1;
• Ecol Entomol; Gut content analysis and a new feeding group classification of termites; SE Donovan, P Eggleton, DE Bignell; 26; 4; 2001; 356-366; 10.1046/j.1365-2311.2001.00342.x; CR2;
• Nat Rev Microbiol; Symbiotic digestion of lignocellulose in termite guts; A Brune; 12; 2014; 168-180; 10.1038/nrmicro3182; CR3;
• Mycol Res; Occurrence of fungi in combs of fungus-growing termites (Isoptera: Termitidae, Macrotermitinae); HJ Guedegbe, E Miambi, A Pando, J Roman, P Houngnandan, C Rouland-Lefèvre; 113; 10; 2009; 1039-1045; 10.1016/j.mycres.2009.06.008; CR4;
• J Insect Physiol; Cellulolytic environment in the midgut of the wood-feeding higher termite Nasutitermes takasagoensis; G Tokuda, H Watanabe, M Hojo, A Fujita, H Makiya, M Miyagi; 58; 1; 2012; 147-154; 10.1016/j.jinsphys.2011.10.012; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： シロアリ ,  腸 ,  ミクロビオーム ,  リグノセルロース ,  分解能 ,  研究 ,  転写 ,  最適化