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J-GLOBAL ID：201802248429800441   整理番号：18A1247550

HER2癌バイオマーカー蛋白質の細胞外ドメインに特異的に結合するアプタマーの分子相互作用の解明:in silico評価【JST・京大機械翻訳】

Revealing the molecular interactions of aptamers that specifically bind to the extracellular domain of HER2 cancer biomarker protein: An in silico assessment

著者 (4件)： Niazi Sarfaraj (Department of Pharmaceutical Chemistry, JSS College of Pharmacy-Mysuru, JSS Academy of Higher Education and Research, Mysuru, 570015, India) ,  Purohit Madhusudan (Department of Pharmaceutical Chemistry, JSS College of Pharmacy-Mysuru, JSS Academy of Higher Education and Research, Mysuru, 570015, India) ,  Sonawani Archana (Biomedical Informatics Centre of ICMR, National Institute for Research in Reproductive Health, JM Street, Parel, Mumbai, 400012, India) ,  Niazi Javed H. (Sabanci University Nanotechnology Research Centre (SUNUM), Orta Mh., 34956, Tuzla, Istanbul, Turkey)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 83  ページ： 112-121  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 一本鎖(ss)オリゴヌクレオチドアプタマーは,それらの低い生産コストと良好なバッチからバッチへの一貫性のため,モノクローナル抗体の有望な代替物として出現している。アプタマーは種々の細胞標的に結合し,それらの機能を著しい程度の特異性で変化させる。本研究において,以前に推定結合部位情報及びアプタマー認識に重要な残基を欠いている,EXponential濃縮(SELEX)プロセスによるリガンドのin vitro系統発生により同定されたヒト上皮成長因子受容体2(HER2)特異的結合ssDNAアプタマーの陽性クローンを研究した。主に,HER2細胞外ドメイン(ECD)上に存在する4つの推定DNA結合領域を,予測サーバと静電ポテンシャルマップを用いて同定し,アプタマー結合特徴を描写するためにさらに利用した。分子ドッキング及び分子動力学(MD)シミュレーションにより,HER2(ECD)蛋白質上に存在する優先結合部位として部位2aを選択する3つのアプタマー(H2>H1>H6)の安定結合性を明らかにした。さらに,アミノ酸残基もそうである。部位2aのAsn37,Gln59,Arg81-Gln84,Asp88及びLYS128は高親和性結合に重要であることが分かった。この知識は将来の研究のベンチマークとして利用でき,癌治療薬または診断剤としてのより良好で高度に特異的な抗HER2アプタマーの探索に利用できる。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ヒト ,  一本鎖DNA ,  予測 ,  *タンパク質 ,  *分子間相互作用 ,  ドッキング ,  アミノ酸残基 ,  in vitro実験 ,  親和性 ,  モノクローナル抗体 ,  結合部位 ,  分子動力学 ,  シミュレーション
準シソーラス用語： 特異性 ,  *アプタマー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： アプタマー ,  癌治療 ,  癌診断 ,  HER2 ,  in silico ,  ドッキング ,  MDシミュレーション ,  SELEX

分類 (4件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  高分子の立体構造  (CG02031G) ,  細胞膜の受容体  (EF04030C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： HER2 ,  癌バイオマーカー ,  蛋白質 ,  細胞外ドメイン ,  アプタマー ,  分子相互作用 ,  評価