文献

J-GLOBAL ID：201802248545219904   整理番号：18A1031350

次世代シークエンシングに適したレーザ捕獲顕微解剖FFPE組織の小切片からのRNA分離のための最適化プロトコル【JST・京大機械翻訳】

An optimised protocol for isolation of RNA from small sections of laser-capture microdissected FFPE tissue amenable for next-generation sequencing

著者 (6件)： Amini Parisa (Institute of Veterinary Pharmacology and Toxicology, Vetsuisse Faculty, University of Zuerich, Zurich, Switzerland) ,  Ettlin Julia (Institute of Veterinary Pharmacology and Toxicology, Vetsuisse Faculty, University of Zuerich, Zurich, Switzerland) ,  Opitz Lennart (Functional Genomics Center Zurich, University of Zuerich/ETH Zuerich, Zurich, Switzerland) ,  Clementi Elena (Institute of Veterinary Pharmacology and Toxicology, Vetsuisse Faculty, University of Zuerich, Zurich, Switzerland) ,  Malbon Alexandra (Institute of Veterinary Pathology, Vetsuisse Faculty, University of Zuerich, Zurich, Switzerland) ,  Markkanen Enni (Institute of Veterinary Pharmacology and Toxicology, Vetsuisse Faculty, University of Zuerich, Zurich, Switzerland)
資料名： BMC Molecular Biology (Web)  (BMC Molecular Biology (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 22  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7368A  ISSN： 1471-2199  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織は,生物医学研究のためのサンプルの膨大な治療を構成する。しかしながら,FFPE組織からのRNAの抽出は,化学RNA-蛋白質架橋とRNA断片化により困難であることが証明されており,両方ともRNA量と下流分析の質に大きく影響する。非常に小さい試料サイズで,例えば,細胞の特異的亜集団を分離するためにレーザー捕捉微小解離(LCM)を実行するとき,逆転写定量PCR(RT-qPCR)または次世代配列決定(NGS)による分析のための十分なRNAの回収は非常に厄介で困難になる。【方法】著者らは,LCMを用いてFFPEイヌ乳房腫瘍の臨床検体からマッチした癌関連間質(CAS)と正常な間質を切除し,集束超音波処理ステップを追加的に組み込んだ適応新規技術による一般的に使用されるプロテアーゼベースRNA分離手順を比較した。【結果】著者らは,少量の脱パラフィン化,染色,臨床LCMサンプルからRNAを分離するために,集束超音波処理を使用するプロトコルを首尾よく適合させた。このアプローチを用いて,総RNA収率は通常使用されるプロテアーゼに基づく抽出法と比較して8~12倍に増加できることを見出した。驚くべきことに,この新しいアプローチを用いて抽出されたRNAは,RT-qPCRにおけるCq値が新しい方法を用いて平均2.3倍低いので,古いアプローチと比較して少なくとも同等であった。最後に,新しい方法を用いて抽出されたRNAがNGSにおいて同等に機能することを示した。結論:臨床的に適切な標本の小切片の分析を成功させることができる,困難で制限されたFFPE組織試料からRNAを抽出するための成功した分離プロトコルを提示する。大量の高度に関連する臨床追跡データをしばしば取り込む,アーカイブFFPE組織の特異的小切片における遺伝子発現の特徴を研究する可能性は,これまでに研究が可能になっているこれまで困難な分析試料の新しい次元を明らかにしていない。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 定量的PCR法 ,  逆転写 ,  パラフィンワックス ,  間質組織 ,  *最適化 ,  ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  *RNA【核酸】 ,  *レーザ ,  乳房腫瘍 ,  遺伝子発現 ,  タンパク質 ,  捕獲 ,  *プロトコル
準シソーラス用語： ホルマリン固定パラフィン包埋 ,  *顕微解剖 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： FFPE ,  RNA分離 ,  RNASEQUING ,  LCM ,  RT-QPCR ,  犬 ,  癌 ,  乳癌 ,  乳房腫瘍

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (24件)：

• Vet Pathol; Laser capture microdissection for the investigative pathologist; H Liu, TL McDowell, NE Hanson, X Tang, J Fujimoto, J Rodriguez-Canales; 51; 2014; 257-269; 10.1177/0300985813510533; CR1;
• PLoS ONE; Determinants of RNA quality from FFPE samples; S Ahlfen, A Missel, K Bendrat, M Schlumpberger; 2; 2007; e1261; 10.1371/journal.pone.0001261; CR2;
• Am J Cancer Res; Beyond laser microdissection technology: follow the yellow brick road for cancer research; LG Legres, A Janin, C Masselon, P Bertheau; 4; 2014; 1-28; CR3;
• Nat Protoc; Quantitative RT-PCR gene expression analysis of laser microdissected tissue samples; HS Erickson, PS Albert, JW Gillespie, J Rodriguez-Canales, W Marston Linehan, PA Pinto, RF Chuaqui, MR Emmert-Buck; 4; 2009; 902-922; 10.1038/nprot.2009.61; CR4;
• Nat Protoc; Laser-capture microdissection; V Espina, JD Wulfkuhle, VS Calvert, A VanMeter, W Zhou, G Coukos, DH Geho, EF Petricoin, LA Liotta; 1; 2006; 586-603; 10.1038/nprot.2006.85; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： 次世代シークエンシング ,  レーザ ,  捕獲 ,  顕微解剖 ,  組織 ,  RNA ,  最適化 ,  プロトコル