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J-GLOBAL ID：201802248611002477   整理番号：18A1393970

二乗スパース線形混合モデルによるゲノム関連マッピングのための多重交絡因子補正【JST・京大機械翻訳】

Multiplex confounding factor correction for genomic association mapping with squared sparse linear mixed model

著者 (5件)： Wang Haohan (Language Technologies Institute, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA) ,  Liu Xiang (School of Information and Communication Engineering, Beijing Univ. of Posts & Telecoms, Beijing, China) ,  Xiao Yunpeng (Chongqing Engineering laboratory of Internet and Information Security, Chongqing Univ. of Posts & Telecoms, Chongqing, China) ,  Xu Ming (Research Institute of Information Technology, Tsinghua University, Beijing, China) ,  Xing Eric P. (Machine Learning Department, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 145  ページ： 33-40  発行年： 2018年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムワイド協会研究は,ヒトゲノムと複雑な形質の間の関係を理解するための有望な方法を提示した。多くの単純な多型遺伝子座が表現型変動の有意な割合を説明することが示されている。しかしながら,特に集団構造,家族構造および潜在的関連性により引き起こされる交絡因子を考慮すると,多因子遺伝的遺伝子座に関連する複雑な形質を説明することの非自明性に挑戦が残っている。本論文では,集団と遺伝的交絡因子を共同的に修正することを目的として,二乗-LMM(LMM2)モデルを提案した。関連マッピングのためにLMM2を利用する2つの戦略を提供した。1)それは,個体群構造を効果的に修正することができる単変量LMMの拡張として役立つ。しかし,分離において各々のSNPを考慮した。2)多変量回帰モデルと統合し,複雑な形質と多因子遺伝的遺伝子座の間の相関関係を発見する。この第二のモデルをスパース二乗-LMM(SLMM2)と呼ぶ。さらに,LMM2/SLMM2をLMM~n/SLMM~nモデルに拡張することによりLMM2/SLMM2を拡張した。Arabidopsis Thalianaの遺伝的遺伝子座から発生した合成表現型変異体を用いた著者らのモデルの実用化を実証した。実験は,著者らの方法が形質と遺伝子座の間の相関関係に関してより正確で有意な予測を達成することを示した。また,モデルが発見できる候補遺伝子の数により,収集した表現型と遺伝子型に関する著者らのモデルを評価した。結果は,全ゲノム関連研究における著者らの方法の潜在的で有望な利用を示唆する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *モデル ,  遺伝 ,  *ゲノム ,  Arabidopsis ,  表現型 ,  *多重化 ,  回帰モデル ,  遺伝子型
準シソーラス用語： 混合モデル ,  候補遺伝子 ,  表現型変異 ,  多変量 ,  個体群構造 ,  多因子遺伝 ,  ヒトゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ゲノムワイド関連研究 ,  混合モデル ,  Kinshipマトリックス ,  交絡因子

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 線形混合モデル ,  ゲノム ,  マッピング ,  多重 ,  交絡因子