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J-GLOBAL ID：201802248671116349   整理番号：18A1776108

プロテオミクスにおけるde novo配列決定のための現在のツール,最近の使用例および将来の道に対する潜在的黄金時代【JST・京大機械翻訳】

A Potential Golden Age to Come-Current Tools, Recent Use Cases, and Future Avenues for De Novo Sequencing in Proteomics

著者 (5件)： Muth Thilo (Bioinformatics Unit (MF 1), Department for Methods Development and Research Infrastructure, Robert Koch Institute, 13353, Berlin, Germany) ,  Hartkopf Felix (Bioinformatics Unit (MF 1), Department for Methods Development and Research Infrastructure, Robert Koch Institute, 13353, Berlin, Germany) ,  Vaudel Marc (K.G. Jebsen Center for Diabetes Research, Department of Clinical Science, University of Bergen, 5020, Bergen, Norway) ,  Vaudel Marc (Center for Medical Genetics and Molecular Medicine, Haukeland University Hospital, 5020, Bergen, Norway) ,  Renard Bernhard Y. (Bioinformatics Unit (MF 1), Department for Methods Development and Research Infrastructure, Robert Koch Institute, 13353, Berlin, Germany)
資料名： Proteomics  (Proteomics)
巻： 18  号： 18  ページ： e1700150  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1303A  ISSN： 1615-9853  CODEN： PROTC  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ショットガンのプロテオミクスにおいて,ペプチドと蛋白質の同定は,データベース検索エンジンを用いて最も一般的に行われており,参照蛋白質配列が利用可能な場合には選択の方法である。その広範な使用にもかかわらず,主にその静的探索空間のために,データベース駆動アプローチは制限されている。対照的に,de novo配列決定は,タンデム質量スペクトルからフラグメントイオン情報のみを用いて,非バイアス様式でペプチド配列情報を誘導する。近年,MS装置の改良により,de novo配列決定のための種々の新しい方法が提案されている。本レビュー論文は,ペプチド配列決定から配列-蛋白質マッピングまでの範囲の既存のde novo配列決定アルゴリズムとソフトウェアツールの概観を提供する。de novoシークエンシングが成功裏に適用された種々の使用事例について述べた。最後に,現在の方法の限界を強調し,コミュニティにおけるde novo配列決定のより広い受け入れのための新しい方向を論じた。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  質量スペクトル ,  データベース ,  コミュニティ ,  ペプチド ,  アミノ酸配列 ,  タンパク質 ,  直列接続 ,  バイアス ,  支援プログラム ,  *プロテオミクス
準シソーラス用語： 配列解析 ,  探索空間 ,  フラグメントイオン ,  データベース検索 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： バイオインフォマティクス ,  de novoシークエンシング ,  ペプチド同定 ,  蛋白質同定 ,  ソフトウェアツール

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： プロテオミクス ,  ツール ,  道