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J-GLOBAL ID：201802248710800917   整理番号：18A1295914

ナス(Solanum melongena L.)ゲノムにおける単純配列反復の包括的特性化とWeb資源の構築【JST・京大機械翻訳】

Comprehensive Characterization of Simple Sequence Repeats in Eggplant (Solanum melongena L.) Genome and Construction of a Web Resource

著者 (8件)： Portis Ezio (Dipartimento di Scienze Agrarie, Forestali ed Alimentari - Plant Genetics and Breeding, Universita degli Studi di Torino) ,  Lanteri Sergio (Dipartimento di Scienze Agrarie, Forestali ed Alimentari - Plant Genetics and Breeding, Universita degli Studi di Torino) ,  Barchi Lorenzo (Dipartimento di Scienze Agrarie, Forestali ed Alimentari - Plant Genetics and Breeding, Universita degli Studi di Torino) ,  Portis Flavio (Yebokey) ,  Valente Luisa (Yebokey) ,  Toppino Laura (CREA-GB, Research Centre for Genomics and Bioinformatics) ,  Rotino Giuseppe L. (CREA-GB, Research Centre for Genomics and Bioinformatics) ,  Acquadro Alberto (Dipartimento di Scienze Agrarie, Forestali ed Alimentari - Plant Genetics and Breeding, Universita degli Studi di Torino)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 9  ページ： 401  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは,その全ゲノムの最近の高品質配列を用いてナス(Solanum melongena)の単純配列反復(SSR)マーカーを特性化した。ほぼ133,000の完全なSSR,125.5のSSRs/Mbpの密度,および約178,400の不完全なSSRを見出した。完全なSSRのうち,15.6%は複雑で,<100ntの介入ブロックによって分離された2つの反復配列を持っていた。ジ-およびトリヌクレオチドSSRsは,それぞれ43および37%を占めた。SSRはそれらの反復数と全長に従って分類され,それらの連鎖群に割り当てられた。2,086の遺伝子において完全なSSRの2,449を見出し,全体の密度は遺伝子空間を横切って18.5SSRs/Mbpであった。3,524の不完全なSSRは,26.7のSSRs/Mbpの密度で2,924の遺伝子に存在した。推定機能は,少なくとも1つのSSRを含む遺伝子にオントロジーを介して割り当てられた。このデータを用いて,ゲノム上のそれらの位置,反復のタイプ(完全対不完全),モチーフ型,配列,反復数およびゲノム/遺伝子の文脈の観点からSSRマーカーの同定を可能にする「植物マイクロサテライトデータベース」(EgMiDB)を開発した。また,それは前方と逆のプライマーを示唆する。著者らは,これらのSSRマーカーを検証するためにin silico PCR分析を使用し,多様なナス系統から得られた2つのCDSセットと3つの集合トランスクリプトームをテンプレートとして用いた。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： マイクロサテライト ,  *ゲノム ,  *ナス属 ,  反復配列 ,  オントロジー ,  遺伝子 ,  *Web【情報システム】 ,  *キャラクタリゼーション ,  データベース ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： in silico ,  マイクロサテライトマーカー ,  連鎖群 ,  トリヌクレオチド ,  高品質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： データベース ,  ナス ,  ゲノム ,  マイクロサテライト ,  Solanum melongena ,  SSR

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  飼料作物,草地  (FC03050J)

タイトルに関連する用語 (8件)： ナス ,  Solanum ,  ゲノム ,  反復 ,  特性化 ,  Web ,  資源 ,  構築