文献

J-GLOBAL ID：201802249060066611   整理番号：18A0965584

熱帯GARの脳と筋肉組織のトランスクリプトームプロファイルにおける性特異的差異【JST・京大機械翻訳】

Sex-specific differences in transcriptome profiles of brain and muscle tissue of the tropical gar

著者 (5件)： Cribbin Kayla M. (School of Biological Sciences, Washington State University, Pullman, USA) ,  Quackenbush Corey R. (School of Biological Sciences, Washington State University, Pullman, USA) ,  Taylor Kyle (School of Biological Sciences, Washington State University, Pullman, USA) ,  Arias-Rodriguez Lenin (Division Academica de Ciencias Biologicas, Universidad Juarez Autonoma de Tabasco (UJAT), Villahermosa, Mexico) ,  Kelley Joanna L. (School of Biological Sciences, Washington State University, Pullman, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 283  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】熱帯のgar(Atactosteus tropicalis)は,世界における7つの現存種のgar魚の最も南の種である。メキシコと中央アメリカでは,種はその栄養価と低価格のために重要な食料源である。その地域的重要性にもかかわらず,過剰発現と生息場所劣化に関する懸念が増加しているにもかかわらず,熱帯のgarに関する基本的な遺伝的情報は不足している。熱帯garに関する遺伝的情報の決定は,野生個体群の持続可能な管理,水産養殖環境における最良の実践の実施,古代系統の進化的研究,および性特異的遺伝子発現の理解に重要である。本研究において,熱帯性Galのトランスクリプトームを配列決定し,3人の男性と3人の女性からの組織を用いて,Illumina塩基配列決定技術を用いてde novoを構築した。成体雄と雌の間の脳および筋肉組織における性特異的および高度に差別的に発現された転写物を引き続いて同定した。【結果】トランスクリプトームは,3,355塩基対のコンティグN50を有する80,611の転写産物をもたらすde novoと,全長において168キロベース以上で組み立てられた。雄の筋肉,脳および生殖腺ならびに雌の筋肉および脳は,集合に含まれた。構築されたトランスクリプトームは,良く注釈された蛋白質のデータベースであるTrinotateとSwissProtを用いて発現された転写物の推定機能を同定するために注釈された。次に,脳と筋肉のデータセットを組み立てられたトランスクリプトームに整列させて,雄と雌の間で差次的に発現された転写物を同定した。雄と雌の脳の間のコントラストは106の遺伝子から109の転写物を同定し,それは有意に差次的に発現した。筋肉比較において,80の遺伝子からの82の転写産物を,有意差次的発現の証拠で同定した。差次的に発現すると同定されたほとんど全ての遺伝子は性特異的であった。差別的に発現した転写物は細胞機能,シグナル伝達,免疫応答,組織特異的機能に関与する遺伝子に富んでいた。結論:本研究は,筋肉と脳組織における男性と女性の間の差次的に発現した転写物を同定した。差次的に発現した転写産物の大部分は,性特異的発現を有した。これらの知見を他の発生段階,個体群および種に拡大することにより,熱帯のgarで見られる歪度比および他の種での発現における性特異的差異に寄与する遺伝的因子の同定が可能となる。最後に,トランスクリプトーム集合は,他の初期脊椎動物との関連において,熱帯のGal発生,細胞機能,環境抵抗性および進化に関する将来の研究の道を開くであろう。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子発現 ,  養殖 ,  個体群 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  免疫反応 ,  女性 ,  ヌクレオチド配列 ,  データベース ,  *筋組織 ,  *熱帯 ,  タンパク質 ,  男性 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 転写産物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： atracteus tropicus ,  熱帯のGAR ,  異なる発現 ,  トランスクリプトーム集合 ,  初期脊椎動物

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (43件)：

• Freshwater fishes of Costa Rica: Editorial de la Universidad de Costa Rica; WA Bussing; 1998; CR1;
• Miller RR, Minckley WL, Norris SM, Zoology UoMMo. Freshwater Fishes of México. Chicago: University of Chicago Press; 2005.
• J Fish Biol; Espinosa de los Monteros A. Genetic variation and recent population history of the tropical gar Atractosteus tropicus Gill (Pisces: Lepisosteidae); J Barrientos-Villalobos; 73; 8; 2008; 1919-1936; 10.1111/j.1095-8649.2008.01993.x; CR3;
• Mol Phylogenet Evol; Gene trees, species trees, and morphology converge on a similar phylogeny of living gars (Actinopterygii: Holostei: Lepisosteidae), an ancient clade of ray-finned fishes; JJ Wright, SR David, TJ Near; 63; 3; 2012; 848-856; 10.1016/j.ympev.2012.02.033; CR4;
• Nelson JS, Grande TC, Wilson MVH. Fishes of the World. Hoboken: John Wiley & Sons, Inc; 2016.

タイトルに関連する用語 (5件)： 熱帯 ,  脳 ,  筋肉組織 ,  性 ,  差異