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J-GLOBAL ID：201802249540471005   整理番号：18A0793184

Cajanus scaraboides(L.)のde novo集合と特性化は対末端配列決定によりトランスクリプトームを形成する【JST・京大機械翻訳】

De novo Assembly and Characterization of Cajanus scarabaeoides (L.) Thouars Transcriptome by Paired-End Sequencing

著者 (6件)： Nigam Deepti (Indian Council of Agricultural Research-National Research Centre on Plant Biotechnology) ,  Saxena Swati (Indian Council of Agricultural Research-National Research Centre on Plant Biotechnology) ,  Ramakrishna G. (Indian Council of Agricultural Research-National Research Centre on Plant Biotechnology) ,  Singh Archana (Division of Biochemistry, Indian Council of Agricultural Research-Indian Agricultural Research Institute) ,  Singh N. K. (Indian Council of Agricultural Research-National Research Centre on Plant Biotechnology) ,  Gaikwad Kishor (Indian Council of Agricultural Research-National Research Centre on Plant Biotechnology)
資料名： Frontiers in Molecular Biosciences (Web)  (Frontiers in Molecular Biosciences (Web))
巻： 4  ページ： 48  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7081A  ISSN： 2296-889X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pigeonエンドウ[Cajanus cajan(L.)Millsp.]は,アジアとアフリカにおいて主に成長する熱と干ばつ耐性マメ科作物である。キマメは,この作物の収量ポテンシャルを制限する様々な生物(病気と害虫)と非生物的ストレス(塩分と水の伐採)によって影響される。しかし,これらのすべての制約に対する耐性は,栽培された遺伝子型において容易に利用できず,いくつかの野生近縁種がこれらの耐性に耐えることが分かっている。したがって,マメ科育種における作物野生近縁種(CWR)の利用は,この作物に対する抵抗性,品質および育種効率特性を付与するのに効果的である。P.scarabaeoidesの芽と葉組織,キマメの野生相対物をトランスクリプトームプロファイリングに用いた。アダプタの除去,あいまいな読み取り,および低品質の読み取り(3.02ギガバーゼペア)によって生の読み取りから濾過された約30百万のクリーンな読み取りが,Illumina paired-end RNA-seq技術によって生成された。これらのクリーンな読み取りの全てをプールし,Trinityを用いて1,17,007の転写物にde novoを組み立てた。最終的に,合計98,664の単一遺伝子を,396bpの平均長と1393のN50値で誘導した。アセンブリは,Glycine max CDS配列データベース(Ensembl)のBLAST検索において,有意なマッピング結果(73.68%)を生み出した。さらに,ViridiplantaeのUniProtデータベースを,単一遺伝子アノテーションのために使用した。98,664(82.90%)の単一遺伝子の81,799は,最終的に遺伝子の記述または保存された蛋白質ドメインで注釈された。さらに,全部で23,475のSSRが27,321の単一遺伝子で同定された。このデータは,機能的に重要な遺伝子のマイニングと,マメ科植物の改善のためのSSRマーカーの有用な情報を提供するであろう。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： エンドウ ,  マメ科 ,  遺伝子 ,  遺伝子型 ,  耐干性 ,  *キャラクタリゼーション ,  農作物 ,  キマメ ,  育種 ,  害虫 ,  *トランスクリプトーム ,  ダイズ ,  データベース ,  品質
準シソーラス用語： 近縁種 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Cajanus scaraboides(L.)Thouars ,  栽培野生近縁種(CWR) ,  de novo組立 ,  Illuminaシークエンシング ,  SSR

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： Cajanus ,  集合 ,  特性化 ,  トランスクリプトーム