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J-GLOBAL ID：201802249556050430   整理番号：18A0805589

Miscanthus lutariipariusのde novoトランスクリプトーム解析は根茎発生における候補遺伝子を同定する【JST・京大機械翻訳】

De novo Transcriptome Analysis of Miscanthus lutarioriparius Identifies Candidate Genes in Rhizome Development

著者 (9件)： Hu Ruibo (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences) ,  Yu Changjiang (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences) ,  Wang Xiaoyu (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences) ,  Jia Chunlin (Shandong Institute of Agricultural Sustainable Development) ,  Pei Shengqiang (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences) ,  He Kang (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences) ,  He Guo (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences) ,  Kong Yingzhen (Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology, Tobacco Research Institute of Chinese Academy of Agricultural Sciences) ,  Zhou Gongke (Key Laboratory of Biofuels, Qingdao Engineering Research Center of Biomass Resources and Environment, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 8  ページ： 492  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 5つの組織のDe novoトランスクリプトームプロファイリングにより,M.lutarioripariusにおける根茎発生に関与する候補遺伝子を明らかにした。Miscanthus lutarioripariusは第二世代バイオエタノール生産のための有望なリグノセルロース原料である。しかし,この種のゲノム資源は比較的限られており,多くの重要な生物学的過程の基礎となる分子機構の理解を妨げている。本研究では,根茎発生に関与する推定遺伝子を同定することを強調して,M.lutarioripariusの5つの組織(葉,茎,根,外側芽および根茎芽)の最初のde novoトランスクリプトーム解析を行った。約66のギガバーゼ(GB)paired-end read readを得て,平均長759bpの169,064の単一遺伝子に組み立てた。これらの単一遺伝子の中で,103,899(61.5%)が7つの公共蛋白質データベースで注釈された。示差遺伝子発現プロファイリング分析により,4,609,3,188,1,679,1,218,および1077の遺伝子が,それぞれ根,葉,茎,外側芽,および根茎芽において主に発現されることを明らかにした。それらの発現パターンをさらに12の異なるクラスターに分類した。経路濃縮分析は,主に根茎芽で発現された遺伝子が主に一次代謝とホルモンシグナリングと形質導入経路に関与していることを明らかにした。注目すべきことに,19の転写因子(TF)と16のホルモンシグナル伝達経路関連遺伝子が他の組織と比較して根茎芽で主に発現されることが同定され,根茎形成と発生における推定的役割を示唆した。さらに,予測制御ネットワークを4つのTFと6つのオーキシンとアブシシン酸(ABA)関連遺伝子の間で構築した。さらに,24の根特異的遺伝子の発現を,定量的リアルタイムRT-PCR(qRT-PCR)分析によってさらに検証した。まとめると,本研究は5つの異なる組織にわたる遺伝子発現の全体的な特徴を提供し,根茎の成長と発達への予備的洞察を明らかにする。提示されたデータは,M.lutarioripariusにおける根茎発生の基礎となる分子機構の理解に寄与し,Miscanthusのゲノム資源を著しく豊かにする。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  オーキシン ,  リグノセルロース ,  転写因子 ,  ゲノム ,  *根茎 ,  ネットワーク ,  *遺伝子 ,  遺伝子発現 ,  *ススキ属
準シソーラス用語： 遺伝子発現プロファイリング ,  分子機構 ,  バイオエタノール ,  *候補遺伝子 ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Miscanthus lutariiparius ,  根茎形成 ,  RNA-seq ,  側方分裂組織 ,  転写因子

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： Miscanthus ,  トランスクリプトーム解析 ,  根茎 ,  候補遺伝子 ,  同定