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J-GLOBAL ID：201802249792535907   整理番号：18A1390383

大西洋およびギンザケにおける長鎖非コードRNAの比較分析は,海氷感染時の免疫および組織修復に関連する多様なトランスクリプトーム応答を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative analysis of long non-coding RNAs in Atlantic and Coho salmon reveals divergent transcriptome responses associated with immunity and tissue repair during sea lice infestation

著者 (3件)： Valenzuela-Munoz Valentina (Laboratory of Biotechnology and Aquatic Genomics, Interdisciplinary Center for Aquaculture Research, University of Concepcion, Barrio Universitario s/n, Concepcion, Chile) ,  Valenzuela-Miranda Diego (Laboratory of Biotechnology and Aquatic Genomics, Interdisciplinary Center for Aquaculture Research, University of Concepcion, Barrio Universitario s/n, Concepcion, Chile) ,  Gallardo-Escarate Cristian (Laboratory of Biotechnology and Aquatic Genomics, Interdisciplinary Center for Aquaculture Research, University of Concepcion, Barrio Universitario s/n, Concepcion, Chile)
資料名： Developmental and Comparative Immunology  (Developmental and Comparative Immunology)
巻： 87  ページ： 36-50  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0151A  ISSN： 0145-305X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高スループット配列決定によるトランスクリプトーム解析の増加する能力は,蛋白質をコードしない転写物の大きな割合の存在を強調した。特に,長い非コードRNA(lncRNA)は低い符号化ポテンシャルと種間の保存を持つ配列である。さらに,累積的証拠はいくつかの分類群における転写後遺伝子調節における重要な役割を明らかにした。魚類において,lncRNAの役割はほとんど研究されておらず,海苔に対する免疫応答の間においてさえも少ない。本研究において,著者らは大西洋サケ(Salmo salar)およびCohoサケ(Oncorhynkus kisutch)において,これら2つの魚種間の配列保存の程度および感染過程におけるそれらの推定的役割を評価することを目的とした。ここでは,大西洋とコホのサケを35のlic/魚で感染させ,7日後と14日後に評価した(dpi)。RNA配列決定のために,皮膚と頭腎からのサンプルを採取した。合計5658/4140および3678/2123lncRNAが,それぞれ非感染/感染大西洋およびCohoサケトランスクリプトームにおいて同定された。種特異的転写パターンは,分析した組織に従って排他的なlncRNAで観察された。さらに,大西洋サケにおける上部100の高度に調節されたlncRNAの隣接遺伝子GO濃縮分析は,lncRNAが免疫応答に関連する遺伝子の近くに局在することを示した。一方,Cohoサケにおいて,高度に調節されたlncRNAは組織修復過程に関与する遺伝子の近くに局在していた。本研究は,それぞれ大西洋およびコザケにおける免疫および組織修復関連遺伝子に密接に局在するlncRNAの高い調節を明らかにし,海苔寄生に対するサケにおけるlncRNAの推定上の役割を示唆した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *トランスクリプトーム ,  符号化 ,  Salmo salar ,  免疫反応 ,  *RNA【核酸】 ,  タンパク質 ,  遺伝的調節 ,  ギンザケ ,  *感染 ,  *大西洋
準シソーラス用語： *非翻訳RNA ,  トランスクリプトーム解析 ,  ハイスループット ,  *組織修復 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： LncRNA ,  タイセイヨウサケ ,  ギンザケ ,  C.rogercresceyi

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (10件)： 大西洋 ,  ギンザケ ,  長鎖非コードRNA ,  比較分析 ,  海氷 ,  感染 ,  免疫 ,  組織修復 ,  トランスクリプトーム ,  応答