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J-GLOBAL ID：201802250168657080   整理番号：18A0931525

滑膜組織学的特徴とRNA配列データの機械学習統合による3つの関節リウマチ疾患サブタイプの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Three Rheumatoid Arthritis Disease Subtypes by Machine Learning Integration of Synovial Histologic Features and RNA Sequencing Data

著者 (22件)： Orange Dana E. (Hospital for Special Surgery, The Rockefeller University, and New York Genome Center, New York, New York) ,  Agius Phaedra (New York Genome Center, New York, New York) ,  DiCarlo Edward F. (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Robine Nicolas (New York Genome Center, New York, New York) ,  Geiger Heather (New York Genome Center, New York, New York) ,  Szymonifka Jackie (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  McNamara Michael (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Cummings Ryan (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Andersen Kathleen M. (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Mirza Serene (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Figgie Mark (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Ivashkiv Lionel B. (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Pernis Alessandra B. (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Jiang Caroline S. (The Rockefeller University Hospital, New York, New York) ,  Frank Mayu O. (The Rockefeller University and New York Genome Center, New York, New York) ,  Darnell Robert B. (The Rockefeller University and New York Genome Center, New York, New York) ,  Lingampali Nithya (Stanford University School of Medicine, Stanford, California) ,  Robinson William H. (Stanford University School of Medicine, Stanford, California) ,  Gravallese Ellen (University of Massachusetts Memorial Medical Center, Worcester) ,  Bykerk Vivian P. (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Goodman Susan M. (Hospital for Special Surgery, New York, New York) ,  Donlin Laura T. (Hospital for Special Surgery, New York, New York)
資料名： Arthritis & Rheumatology  (Arthritis & Rheumatology)
巻： 70  号： 5  ページ： 690-701  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0784B  ISSN： 2326-5191  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:本研究では,遺伝子発現データおよび機械学習による訓練により関節リウマチ(RA)滑膜組織の組織学的スコア化を検討した。【方法】20の組織学的特徴を129の滑膜組織標本(n=123RA患者とn=6の変形性関節症[OA]患者)で評価した。45の滑膜試料のサブセットからの遺伝子発現データについてコンセンサスクラスタリングを行った。サポートベクトルマシン学習を用いて,入力として組織学的データを用いて遺伝子発現サブタイプを予測した。対応する臨床データをサブタイプにわたって比較した。【結果】遺伝子発現データのコンセンサスクラスタリングは,形質転換成長因子β,糖蛋白質,およびニューロン遺伝子を含む経路における濃縮により特徴付けられる低炎症性サブタイプ,および混合サブタイプを含む,3つの異なる滑膜サブタイプを明らかにした。組織学的特徴に適用された機械学習は,ラベルとして機能する遺伝子発現サブタイプを用いて,組織学的特徴のスコア化のためのアルゴリズムを生成した。高い炎症性滑膜サブタイプを有する患者は,全身性炎症および自己抗体のより高いレベルを示した。C反応性蛋白質(CRP)レベルは,高炎症性サブグループにおける疼痛の重症度と有意に相関したが,その他においては相関しなかった。結論:RAとOA滑膜組織の遺伝子発現分析は,3つの異なる滑膜サブタイプを明らかにした。これらの標識を用いて,組織学的スコアが赤血球沈降速度,CRPレベルおよび自己抗体レベルを含む全身性炎症のパラメータと関連することを見出した組織学的スコア化アルゴリズムを作成した。臨床的特徴に対する遺伝子発現パターンの比較は,潜在的に臨床的に重要な区別を明らかにした:疼痛の機序は異なる滑膜サブタイプを有する患者において異なる可能性がある。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *関節リウマチ ,  C反応性タンパク質 ,  疼痛 ,  アルゴリズム ,  遺伝子 ,  自己抗体 ,  ニューロン ,  糖タンパク質 ,  *滑膜 ,  患者 ,  遺伝子発現 ,  *機械学習 ,  *RNA【核酸】 ,  サポートベクトルマシン
準シソーラス用語： *サブタイプ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 運動器系の基礎医学  (GG01020B)

タイトルに関連する用語 (10件)： 滑膜 ,  組織学 ,  RNA ,  機械学習 ,  統合 ,  関節 ,  リウマチ疾患 ,  サブ ,  タイプ ,  同定