オオムギ50K Iselect SNPアレイの開発と評価【JST・京大機械翻訳】

Bayer Micha M.; Rapazote-Flores Paulo; Ganal Martin; Hedley Pete E.; Macaulay Malcolm; Plieske Jorg; Ramsay Luke; Russell Joanne; Shaw Paul D.; Thomas William; Waugh Robbie

文献

J-GLOBAL ID：201802250476438242 整理番号：18A0806837

オオムギ50K Iselect SNPアレイの開発と評価【JST・京大機械翻訳】

Development and Evaluation of a Barley 50k iSelect SNP Array

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資料名：
巻： 8 ページ： 1792 発行年： 2017年
JST資料番号： U7094A ISSN： 1664-462X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

ハイスループット遺伝子タイピング配列は,塩基配列決定法に対する魅力的で費用対効果の高い代替法である。著者らは,主要な国際的重要性の穀類作物種であるオオムギのための新しい50k Illina Infinium iSelect遺伝子タイピング配列を開発した。アレイ上のSNPの大部分は,ヨーロッパのオオムギ生殖質の広い範囲のエクソーム捕獲データと呼ばれる変種から抽出されている。著者らは,最近発表されたオオムギの偽分子集合を用いて,正確な物理的位置と詳細な遺伝子アノテーションを有するマーカーを生成することを可能にした,exome捕捉データをマッピングした。既存および広く使用されているオオムギ9k Infinium iSelectアレイからのマーカーを,50kチップ上に後方互換性のために実行した。アレイ設計は,44,040の作業分析に変換された49,267のSNPマーカーを特徴とし,そのうち43,461はGenomeStudioにおいてscorableであった。作業分析のうち,6251は9kiSelectプラットフォームからである。著者らは,遺伝子型を新しい配列からレガシーデータセットまで比較することにより,SNPを検証した。レガシー9k iSelect SNPセット(Comadran et al.,2012)とexome捕獲SNPに対する一致率はそれぞれ98.1%と93.9%であった。遺伝的マッピングのための50kチップの有用性を試験するために,Golden Promise×Morex交雑(Liuら,2014)から導出された分離集団を遺伝子型決定し,それらの既知の物理的位置に近い正確な対応を示す遺伝的位置に対して14,000以上のSNPをマッピングした。遺伝子型評価のためにソフトウェアを解釈することによって使用されたクラスタファイルの手動調整は実質的に改善されたが,サイト間のクラスタファイルの移動は結果の劣化をもたらし,クラスタファイルの局所的調整がサイトごとのベースで必要とされることを示唆した。チップ上のマーカに関する情報は,https//ics.hutton.ac.uk/50kでオンラインで利用可能である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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