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J-GLOBAL ID：201802251208144770   整理番号：18A0392607

大ゲノムのde novoテロメアの同定のためのBAL31NGSアプローチ【Powered by NICT】

BAL31-NGS approach for identification of telomeres de novo in large genomes

著者 (10件)： Peska Vratislav (Mendel Centre for Plant Genomics and Proteomics, Central European Institute of Technology, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic) ,  Peska Vratislav (Institute of Biophysics, Czech Academy of Sciences, Kralovopolska 135, CZ-61265 Brno, Czech Republic) ,  Sitova Zdenka (Mendel Centre for Plant Genomics and Proteomics, Central European Institute of Technology, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic) ,  Sitova Zdenka (Laboratory of Functional Genomics and Proteomics, National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic) ,  Fajkus Petr (Mendel Centre for Plant Genomics and Proteomics, Central European Institute of Technology, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic) ,  Fajkus Petr (Institute of Biophysics, Czech Academy of Sciences, Kralovopolska 135, CZ-61265 Brno, Czech Republic) ,  Fajkus Petr (Laboratory of Functional Genomics and Proteomics, National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic) ,  Fajkus Jiri (Mendel Centre for Plant Genomics and Proteomics, Central European Institute of Technology, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic) ,  Fajkus Jiri (Institute of Biophysics, Czech Academy of Sciences, Kralovopolska 135, CZ-61265 Brno, Czech Republic) ,  Fajkus Jiri (Laboratory of Functional Genomics and Proteomics, National Centre for Biomolecular Research, Faculty of Science, Masaryk University, Kamenice 5, CZ-62500 Brno, Czech Republic)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 114  ページ： 16-27  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： はまだ未発見のテロメア配列,次世代シークエンシング(NGS)を組み合わせた高分子量DNAのBAL31消化を同定する新しい方法を述べた。法は植物の二群に適用した:1)双子葉植物,Cestrum属,とii)単子葉植物,Allium種(例えばA.ursinumとA.cepa)。両群は大きなゲノム(十Gb)と低染色体数の(2n=14 16)を持つ種から成り,反復要素に満ちている。両属は典型的なテロメア反復配列を欠き,複数の研究は,代替テロメア配列を特性化することを試みた。しかし,代替候補テロメア(レトロトランスポゾン,rDNA,サテライト反復)の興味ある仮説と提案にもかかわらず,これらの研究は,問題を分解できなかった。真核生物テロメア,それらの反復特性とBAL31ヌクレアーゼ消化に対する感受性の二種類の最も一般的な特徴に基づく新しいアプローチでは,容量の利点と染色体末端の古典的BAL31ヌクレアーゼ消化のロバスト性と組み合わせたNGSの現在の入手可能性を採用した。最も反復要素の代表的な試料を低被覆率(5%以下)ゲノムショットガンNGSによって確保されたが,候補テロメアはBAL31処理試料において過小評価されている配列として同定された。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： ロバスト性 ,  レトロトランスポゾン ,  単子葉植物 ,  *テロメア ,  消化 ,  アベイラビリティ ,  キャラクタリゼーション ,  真核生物 ,  反復配列 ,  双子葉植物 ,  DNA【核酸】 ,  感受性 ,  *ゲノム ,  ヌクレアーゼ
準シソーラス用語： 次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： テロメア ,  原子力発電所 ,  BAL31 ,  RepeatExplorer ,  タンデム反復ファインダ ,  タンデム反復合併

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム ,  テロメア ,  同定