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J-GLOBAL ID：201802251575555301   整理番号：18A0805632

イネ(Agriophyllum squarrosum)の自然個体群における熱耐性と農業形質に関連する候補遺伝子のSNP発見と遺伝的変異【JST・京大機械翻訳】

SNP Discovery and Genetic Variation of Candidate Genes Relevant to Heat Tolerance and Agronomic Traits in Natural Populations of Sand Rice (Agriophyllum squarrosum)

著者 (10件)： Zhao Pengshan (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Zhao Pengshan (Shapotou Desert Research and Experiment Station, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Zhang Jiwei (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Qian Chaoju (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Zhou Qin (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Zhao Xin (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Zhao Xin (Shapotou Desert Research and Experiment Station, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Chen Guoxiong (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Chen Guoxiong (Shapotou Desert Research and Experiment Station, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences) ,  Ma Xiao-Fei (Key Laboratory of Stress Physiology and Ecology in Cold and Arid Regions, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 8  ページ： 536  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 砂米(Agriophyllum squarrosum)の極端なストレス耐性と高い栄養価は,進行中の気候変動と将来の食品安全性に関する懸念に応えるための代替作物としての利用に魅力的である。しかしながら,遺伝的情報の欠如は,砂米の形態学的および生理学的適応を支える機構の理解を妨げている。本研究において,半乾燥[Naiman(NM)]と乾燥[Shapotou(SPT)]砂イネ遺伝子型を代表する2つの個体のトランスクリプトームを配列決定し,分析した。全部で105,868対の一塩基多型(SNP)が,24,712のUniogenesに分布し,SPTとNMサンプルの間で同定された。平均SNP頻度は0.3%(333塩基対当たり1SNP)であった。遺伝子アノテーションの特性化は,DNA組換えに関与する遺伝子の変化が半乾燥環境におけるNM集団の生存と関連することを示した。熱ストレス応答と農業形質に関連すると予測される遺伝子のセットは,イネ,オオムギ,トウモロコシ,ソルガムを含むArabidopsisといくつかの作物植物からの蓄積された知識を用いて機能的に注釈された。熱耐性(熱ショック転写因子,HsfA1d),種子サイズ(DA1関連,DAR1)および開花(初期開花3,ELF3および後期伸長胚軸,LHY)に関連する4つの候補遺伝子を10の自然個体群における遺伝的多様性の分析にかけた。1つのSNPのみが,60の遺伝子型の間でHsfA1dとDAR1の各々で検出され,2つはELF3で,4つはLHYで検出された。ヌクレオチド多様性は0.00032~0.00118の範囲であった。ハプロタイプ分析により,NM集団は全4遺伝子に対して特異的対立遺伝子を保有し,NMと他の集団間で相違が起こっていることを示唆した。これらの4つの遺伝子は,それらが表現型変異と関連しているかどうかを決定するためにさらに分析され,砂米育種に好都合な対立遺伝子を同定することができた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： オオムギ ,  Arabidopsis ,  開花 ,  一塩基多型 ,  対立遺伝子 ,  遺伝子型 ,  トランスクリプトーム ,  *遺伝 ,  *遺伝子 ,  育種 ,  *耐熱性 ,  *個体群 ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： ストレス耐性 ,  *農業形質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 砂米 ,  生理学的適応 ,  気候変動 ,  一塩基多型 ,  対立遺伝子多様性 ,  自然変動 ,  候補遺伝子

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： イネ ,  熱耐性 ,  農業形質 ,  候補遺伝子 ,  SNP ,  発見 ,  遺伝的変異