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J-GLOBAL ID：201802251920905395   整理番号：18A1005464

線形時間における平衡ゲノムのDCJ距離の近似【JST・京大機械翻訳】

Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time

著者 (5件)： Rubert Diego P. (Faculdade de Computacao, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil) ,  Feijao Pedro (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Braga Marilia Dias Vieira (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Stoye Jens (Faculty of Technology and Center for Biotechnology (CeBiTec), Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Martinez Fabio Henrique Viduani (Faculdade de Computacao, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Brazil)
資料名： Algorithms for Molecular Biology (Web)  (Algorithms for Molecular Biology (Web))
巻： 12  号： 1  ページ： 3  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7358A  ISSN： 1748-7188  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:再編成はゲノムにおける大規模突然変異であり,複雑な変化と構造変化の原因である。ゲノムの組織化を修飾するほとんどの再編成は,二重カットと結合(Dcj)操作により表現できる。2つの均衡したゲノム,すなわち,各ゲノムにおける各遺伝子の同一数を正確に持つ2つのゲノムを与えて,それらの間の再配列距離を計算する問題,すなわち,1つのゲノムを他に変換するDcj操作の最小数を見出す問題に関心を持つ。この問題はNP困難であることが知られている。結果:Dcj距離問題に対する近似因子O(k)を用いた線形時間近似アルゴリズムを提案した。ここでkは入力ゲノムにおける任意の遺伝子の発生の最大数である。著者らのアルゴリズムは,線形および円形の非染色体平衡化ゲノムに対して動作し,最小共通ストリング分割問題に対するO(k)近似の中間ステップとして使用する。これはDcj距離問題に密接に関連している。結論:シミュレーションデータセットに関する実験は,著者らの近似アルゴリズムが効率と解の質の両方において非常に競争力があることを示した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *線形性 ,  遺伝子 ,  突然変異 ,  染色体 ,  *近似法 ,  アルゴリズム ,  *ゲノム ,  NP困難 ,  再編成
準シソーラス用語： 比較ゲノミクス ,  近似アルゴリズム ,  再配列 ,  構造変化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ダブルカットとジョイン(DCJ) ,  ゲノム再配列 ,  比較ゲノミクス ,  近似アルゴリズム

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (15件)：

• Bioinformatics; Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchanges; S Yancopoulos, O Attie, R Friedberg; 21; 16; 2005; 3340-3346; 10.1093/bioinformatics/bti535; CR1;
• Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A unifying view of genome rearrangements. In: Proceedings of workshop on algorithms in Bioinformatics 2006. Heidelberg: LNBI; 2006. vol. 4175, p. 163-73
• IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinf; Inapproximability of (1, 2)-exemplar distance; L Bulteau, M Jiang; 10; 6; 2013; 1384-1390; 10.1109/TCBB.2012.144; CR3;
• J Comput Biol; An exact algorithm to compute the double-cut-and-join distance for genomes with duplicate genes; M Shao, Y Lin, B Moret; 22; 5; 2015; 425-435; 10.1089/cmb.2014.0096; CR4;
• The complexity of calculating exemplar distances; Comparative Genomics; D Bryant; Kluwer Academic Publishers; 2000; 207-211; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： 線形 ,  平衡 ,  ゲノム ,  近似