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J-GLOBAL ID：201802251937725094   整理番号：18A0965823

Oxfordナノポアシークエンシング技術を用いたArabidopsis thalianaにおける活性転移要素の検出【JST・京大機械翻訳】

Detection of active transposable elements in Arabidopsis thaliana using Oxford Nanopore Sequencing technology

著者 (11件)： Debladis Emilie (Universite de Perpignan Via Domitia, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Debladis Emilie (Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Llauro Christel (Universite de Perpignan Via Domitia, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Llauro Christel (Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Carpentier Marie-Christine (Universite de Perpignan Via Domitia, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Carpentier Marie-Christine (Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Mirouze Marie (Universite de Perpignan Via Domitia, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Mirouze Marie (Institut de Recherche pour le Developpement, UMR232 DIADE Diversite Adaptation et Developpement des Plantes, Perpignan, France) ,  Panaud Olivier (Universite de Perpignan Via Domitia, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Panaud Olivier (Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire Genome et Developpement des Plantes, Perpignan cedex, France) ,  Panaud Olivier (Institut Universitaire de France, Paris, France)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 537  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:形質転換要素(TE)は,ほとんどの真核生物ゲノムの構造的および機能的動力学の両方に寄与する。植物と動物ゲノムを密に集団化する傾向のため,ゲノム多様性に及ぼす転位の影響の正確な推定は今日のゲノミクスの主要な課題の一つと考えられている。NGS(次世代配列決定)技術の最近の開発は,変換可能要素関連構造変数(TEASV)のハイスループット検出のための新しい方法を提供することにより,母集団ゲノミクスにおける新しい展望を開いた。しかしながら,これらは短い読み取り(350ヌクレオチドまで)を生成するIllinaプラットフォームに頼っている。配列読み取りのサイズにおけるこの限界は,高い偽発見率(FDR)を引き起こすことができて,したがって,TEASVの検出の力,特に大規模で複雑なゲノムの場合に制限を与えることができる。Oxfordナノ細孔技術(ONT)のような最新の配列決定技術は,植物および動物におけるTEASV検出のための有望なツールを表すキロベースの長いリードを生成することができる。【結果】ONT配列決定を用いてモデル植物種Arabidopsis thalianaに関するTEASV検出のためのパイロット実験の結果を提示し,それがTE運動を検出するために効率的に使用できることを示した。著者らは,R7化学を有するミニイオン装置を用いて,Met1由来の後成的組換え近交系(エピRIL)の0.8Xゲノム被覆を発生させた。著者らは,LTR-レトロトランスポゾン回避(EVD)の9つの新しいコピーを検出することができた。DNAトランスポゾンCACTA,CAC1の活性も証明した。【結論】低い配列範囲(0.8X)において,ONT配列決定は,Arabidopsis thalianaゲノムにおけるいくつかのTE挿入を確実に検出することを可能にした。長い読取長さは,TEの活性によって引き起こされた構造変化の正確であいまいなマッピングを可能にした。これは,TEASV検出のための読取長とゲノム被覆率の間のトレードオフが前者に有利である可能性があることを示唆している。技術は,より低い誤差率と運用コストの両方に関して,さらに改良するべきであり,それは個体群レベルにおける多様性研究において効率的に使用することができた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： レトロトランスポゾン ,  動物 ,  ゲノム ,  被覆 ,  個体群 ,  *Arabidopsis thaliana ,  母集団 ,  ヌクレオチド ,  トランスポゾン ,  DNA【核酸】 ,  被覆率 ,  真核生物
準シソーラス用語： *配列解析 ,  ハイスループット ,  ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 転移性要素 ,  シロイヌナズナ ,  Oxfordナノポア技術 ,  シークエンシング

分類 (1件)： 進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (25件)：

• Science; Repeated sequences in DNA; RJ Britten, DE Kohne; 161; 1968; 529-40; 10.1126/science.161.3841.529; CR1;
• Annu RevGenet; DNA transposons and the evolution of eukaryotic genomes; C Feschotte, EJ Pritham; 41; 2007; 331-68; 10.1146/annurev.genet.40.110405.090448; CR2;
• Nat Rev Genet; How important are transposons for plant evolution?; D Lisch; 14; 2013; 49-61; 10.1038/nrg3374; CR3;
• Biochim Biophys Acta; What makes up plant genomes: The vanishing line between transposable elements and genes; D Zhao, AA Ferguson, N Jiang; 2016; 1859; 336-80; CR4;
• Science; Retrotransposon-induced mutations in grape skin color; S Kobayashi, N Goto-Yamamoto, H Hirochika; 304; 2004; 982; 10.1126/science.1095011; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： ナノポアシークエンシング ,  Arabidopsis ,  活性 ,  転移要素