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J-GLOBAL ID：201802252560250943   整理番号：18A1732129

リガンドドッキングにおける蛋白質柔軟性と多重ドッキングおよびBraf(タイプ1/2)阻害剤に対する仮想スクリーニング【JST・京大機械翻訳】

Protein Flexibility and Multiple Docking in Ligand Docking and Virtual Screening to the BRAF (Type I1/2) Inhibitors

資料名： Chinese Journal of Structural Chemistry  (Chinese Journal of Structural Chemistry)
巻： 37  号： 7  ページ： 1057-1070  発行年： 2018年 
JST資料番号： C2524A  ISSN： 0254-5861  CODEN： JHUADF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： BRAFは癌治療の有望な標的として認識されている。多くの結晶構造が発表されている。分子ドッキングは,コンピュータ支援薬物設計(CADD)の分野で最も効果的な技術の一つである。適切な蛋白質立体配座とドッキング法は,成功した仮想スクリーニング実験に必須である。本研究では,蛋白質柔軟性と多重ドッキング法を考慮した一つのアプローチを提案した。BRAF,3つのドッキングプログラム(Glide,GOLDとLigandFit)の6つのDFG-in/aC-exout結晶構造,および12のスコアリング関数を,姿勢予測と遡及的仮想スクリーニング(VS)の結果から判断することによって,最良の組合せのために適用した。姿勢予測の最も正確な結果(約0.6(A)の平均RMSD)を,遡及的VSからGide sp.を用いて2つの複雑な構造(PDB:3C4Cと3SKC)で得た。最も活性な化合物は,3SKCの複雑な構造を用いて同定され,Glide-SPを用いたデータベーススクリーンの5%において,0.998のROC/AUCスコアと20.6のEFが示された。全体として,PDB3SKCは,より高い正確な生殖率,より良い濃縮およびより多様な化合物を達成することができた。3SKCと他のX線結晶構造の比較により,ドッキング結果に対する原理を導いた。PDB3SKCは,aC-ヘリックスの更なるシフトにより形成された拡張疎水性ポケットを通して広範囲のスルホンアミド置換を達成できた。著者らの研究は,リガンドドッキングと仮想スクリーニングの両方における蛋白質の柔軟性とスコア化機能の必要性と重要性を強調した。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *柔軟性 ,  *多重化 ,  データベース ,  スルホンアミド ,  *ドッキング ,  疎水性 ,  予測 ,  *タンパク質 ,  結晶構造
準シソーラス用語： スコア ,  分子ドッキング ,  癌治療 ,  *バーチャルスクリーニング ,  *阻害剤 ,  *リガンド結合 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 有機化学一般  (CF01000Y) ,  化学一般その他  (CA01060X)

タイトルに関連する用語 (8件)： リガンドドッキング ,  蛋白質 ,  多重 ,  ドッキング ,  BRAF ,  タイプ ,  阻害剤 ,  仮想スクリーニング