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J-GLOBAL ID：201802253041734303   整理番号：18A0709007

マルチスケールシミュレーションからの平均力計算の有効ポテンシャル:脂質膜における溶質挿入【JST・京大機械翻訳】

Efficient potential of mean force calculation from multiscale simulations: Solute insertion in a lipid membrane

著者 (3件)： Menichetti Roberto (Max Planck Institute for Polymer Research, Ackermannweg 10, 55128 Mainz, Germany) ,  Kremer Kurt (Max Planck Institute for Polymer Research, Ackermannweg 10, 55128 Mainz, Germany) ,  Bereau Tristan (Max Planck Institute for Polymer Research, Ackermannweg 10, 55128 Mainz, Germany)
資料名： Biochemical and Biophysical Research Communications  (Biochemical and Biophysical Research Communications)
巻： 498  号： 2  ページ： 282-287  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0118A  ISSN： 0006-291X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全原子分子動力学シミュレーションによる脂質膜中の溶質挿入に対する平均力の可能性の決定は,しばしばサンプリング問題により妨げられる。最近,高分解能シミュレーションの出発点として低分解能モデルの立体配座集合を活用するための多重スケール法が提案されている。本研究では,従来の原子論的アンブレラサンプリングシミュレーション結果に対する脂質膜へのプロパノール挿入に対する予測を比較することにより,この方法の効率を解析した。マルチスケールアプローチは,計算時間において1桁の利得で正確な結果を提供することを確認した。次に,粗粒表現の役割を調べた。結果の精度は,多重スケールシミュレーション法を開発するとき,粗粒と原子論モデル間の良好な配置重なりの存在に密接に関連することを見出した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 立体配座 ,  *脂質膜 ,  高分解能 ,  *シミュレーション ,  利得 ,  CPU時間 ,  計算機シミュレーション ,  *溶質 ,  *有効ポテンシャル
準シソーラス用語： *マルチスケール ,  粗粒子 ,  マルチスケール解析 ,  低分解能 ,  *マルチスケールシミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： マルチスケールシミュレーション ,  薬物-膜系 ,  平均力のポテンシャル ,  強化サンプリング

分類 (2件)： 生体膜一般  (EF04010G) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (6件)： マルチスケールシミュレーション ,  平均 ,  計算 ,  有効ポテンシャル ,  脂質膜 ,  溶質