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J-GLOBAL ID：201802253362976061   整理番号：18A0966051

ニュージーランドの巨大トビムシ(Holacanthella dduoinosa)のゲノムの分析は六脚進化に光を当てる【JST・京大機械翻訳】

Analysis of the genome of the New Zealand giant collembolan ( Holacanthella duospinosa ) sheds light on hexapod evolution

著者 (24件)： Wu Chen (Landcare Research, Auckland, New Zealand) ,  Wu Chen (School of Biological Sciences, The University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Jordan Melissa D. (The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd, Auckland, New Zealand) ,  Newcomb Richard D. (School of Biological Sciences, The University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Newcomb Richard D. (The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd, Auckland, New Zealand) ,  Gemmell Neil J. (Department of Anatomy, School of Biomedical Sciences, University of Otago, Dunedin, New Zealand) ,  Bank Sarah (Center for Molecular Biodiversity Research, Zoological Research Museum Alexander Koenig, Bonn, Germany) ,  Meusemann Karen (Center for Molecular Biodiversity Research, Zoological Research Museum Alexander Koenig, Bonn, Germany) ,  Meusemann Karen (Evolutionary Biology & Ecology, Institute for Biology, University of Freiburg, Freiburg, Germany) ,  Dearden Peter K. (Genetics Otago, Department of Biochemistry, University of Otago, Dunedin, New Zealand) ,  Duncan Elizabeth J. (School of Biology, Faculty of Biological Sciences, University of Leeds, Leeds, UK) ,  Grosser Sefanie (Department of Anatomy, School of Biomedical Sciences, University of Otago, Dunedin, New Zealand) ,  Grosser Sefanie (Department of Animal Behaviour, Bielefeld University, Bielefeld, Germany) ,  Grosser Sefanie (Division of Evolutionary Biology, Faculty of Biology, Ludwig-Maximilian University of Munich, Martinsried, Germany) ,  Rutherford Kim (Department of Anatomy, School of Biomedical Sciences, University of Otago, Dunedin, New Zealand) ,  Gardner Paul P. (Biomolecular Interactions Centre, School of Biological Sciences, University of Canterbury, Christchurch, New Zealand) ,  Crowhurst Ross N. (The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd, Auckland, New Zealand) ,  Steinwender Bernd (School of Biological Sciences, The University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Steinwender Bernd (The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd, Auckland, New Zealand) ,  Tooman Leah K. (The New Zealand Institute for Plant & Food Research Ltd, Auckland, New Zealand) ,  Stevens Mark I. (South Australian Museum, Adelaide, Australia) ,  Stevens Mark I. (School of Pharmacy and Medical Sciences, University of South Australia, Adelaide, Australia) ,  Buckley Thomas R. (Landcare Research, Auckland, New Zealand) ,  Buckley Thomas R. (School of Biological Sciences, The University of Auckland, Auckland, New Zealand)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 795  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ニュージーランドトビムシ類Holacanthellaは,世界において最も大きな種のトビムシ類(トビムシ類)を含んでいる。Illina技術を用いて,Holacanthella duoinosa(Salmon)からドラフトゲノムとトランスクリプトームを配列決定し,組み立てた。著者らは,この注釈化された組み立てを用いて,Hexapodaの進化,H.duoinosaの系統発生的位置,および潜在的な水平遺伝子移動イベントに重要な一連の形質の遺伝的基礎を調べた。【結果】著者らのゲノム集合は,230Kbpの足場N50と180×の配列決定範囲を有するサイズにおいて~375Mbpであった。DNA要素,LTRsおよび単純反復およびLINEは最大成分を形成し,SINEは非常に稀であった。系統ゲノミクス(370,877のアミノ酸)は,Neanuridaeの中にH.duospinosaを置いた。性決定に役割を果たすと考えられる保存性決定遺伝子のオーソログを回復した。CpG含量の分析はDNAメチル化の欠如を示唆し,DNAメチルトランスフェラーゼ酵素のオーソログを検出することはできなかった。小サブユニットrRNA遺伝子は,可能なレトロトランスポゾンを含んだ。Hox遺伝子複合体は2つの足場上で破壊された。化学感覚能力については,少なくとも15および18のイオン性グルタミン酸および味覚受容体がそれぞれ同定された。しかしながら,どの匂い受容体またはそれらの必須の共受容体Orcoを同定することはできなかった。23のキチナーゼ様遺伝子が集合から同定された。この多遺伝子ファミリーのメンバーは,これらのサプロキシリック生物の一般的な食物源である真菌細胞壁の消化において役割を果たしている可能性がある。著者らは,細菌と真菌類にそれぞれ持続する59と96の遺伝子も検出したが,節足動物遺伝子を含まない足場に位置していた。【結論】H.duospinosaのゲノムは,他の節足動物種とは異なる方法で,2つの足場上で破壊されたHox複合体を含むいくつかの異常な特徴を含み,多くの他の節足動物と異なり,匂い受容体遺伝子の欠如と環境応答性DNAメチル化の明らかな欠如がある。候補水平遺伝子移動候補の著者らの検出は,この現象がトビムシ類を横切って起こっていることを確認する。これらの知見は,重要な革新が起こった節足動物系統発生の領域を狭くすることを可能にし,Hexapodaの進化的成功を促進した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 真菌類 ,  トランスクリプトーム ,  DNA【核酸】 ,  サブユニット ,  系統発生 ,  遺伝子 ,  *トビムシ類 ,  細菌 ,  遺伝 ,  レトロトランスポゾン ,  *ゲノム ,  複合体 ,  RNA【核酸】
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (11件)： Hexapoda ,  Neanuridae ,  ゲノム構築 ,  系統ゲノミクス ,  メチル化 ,  エピジェネティクス ,  発生生物学 ,  RNA ,  化学受容体 ,  性決定 ,  水平遺伝子導入

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (130件)：

• Zool Scr; Morphological appraisal of Collembola phylogeny with special emphasis on Poduromorpha and a test of the aquatic origin hypothesis; CA D'Haese; 32; 6; 2003; 563-586; 10.1046/j.1463-6409.2003.00134.x; CR1;
• Science; Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution; B Misof, SL Liu, K Meusemann, RS Peters, A Donath, C Mayer, PB Frandsen, J Ware, T Flouri, RG Beutel; 346; 6210; 2014; 763-767; 10.1126/science.1257570; CR2;
• Mol Biol Evol; Southern hemisphere springtails: could any have survived glaciation of Antarctica?; MI Stevens, P Greenslade, ID Hogg, P Sunnucks; 23; 5; 2006; 874-882; 10.1093/molbev/msj073; CR3;
• Nardi F, Spinsanti G, Boore JL, Carapelli A, Dallai R, Frati F. Response to comment on "hexapod origins: monophyletic or paraphyletic? ". Science. 2003;301(5639):1482.
• Carapelli A, Comandi S, Convey P, Nardi F, Frati F. The complete mitochondrial genome of the Antarctic springtail Cryptopygus Antarcticus (Hexapoda : Collembola). BMC Genomics. 2008;9:315.

タイトルに関連する用語 (5件)： ニュージーランド ,  トビムシ ,  ゲノム ,  分析 ,  進化