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J-GLOBAL ID：201802253536859304   整理番号：18A0053910

RNA-seqリードのローカルシーケンスとシーケンス深度に依存する精度

Local sequence and sequencing depth dependent accuracy of RNA-seq reads

著者 (5件)： CAI Guoshuai (Geisel School of Medicine at Dartmouth) ,  CAI Guoshuai (Univ. South Carolina) ,  LIANG Shoudan (Univ. Texas MD Anderson Cancer Center) ,  ZHENG Xiaofeng (Univ. Texas MD Anderson Cancer Center) ,  XIAO Feifei (Univ. South Carolina)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Aug  ページ： 18:364 (WEB ONLY)  発行年： 2017年08月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:多くのバイアスおよび偽性効果はRNA-seq技術に固有であり,これらにより遺伝子中の各塩基位置についてのシーケンシングリードカウントの分布が不均一になる。したがって,不均一性をモデル化するためにはベースレベルの戦略が必要である。また,シーケンシングリードカウントの特性を活用すると,測定の平均値と分散のより正確な推定を達成することができる。結果:本研究では,複数の因子からのRNA-seq精度への影響を明らかにし,RNA-seqリードの正確なモデリングを比較することを目指した。シーケンシング深度がベースレベルで増加すると,過分散率が低下することが判明した。さらに,ローカルシーケンスの過分散率に対する影響は注目に値するが,シーケンシング深度からの影響を調整した後はもはや有意ではなかった。これらの知見に基づいて,本研究では2つのサンプル由来のシーケンシングリードカウントのベースレベルの割合に動的過分散率を含む望ましいベータ二項モデルを提案した。結論:本研究は,ポジションレベルでの過分散の影響,特にシーケンシング深度,ローカルシーケンスおよび準備プロトコルとの関係についての綿密な洞察を提供する。RNA-seqのこれらの特性は,品質管理手順の改善およびRNA-seq下流分析のための統計的方法の開発を助ける。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *精度 ,  不均一性 ,  モデリング ,  分散【dispersion】 ,  二項分布 ,  品質管理 ,  *統計解析 ,  最適化 ,  *遺伝子発現
準シソーラス用語： *RNA-seq ,  *データ精度 ,  モデル化 ,  過分散 ,  統計解析法 ,  *差次的遺伝子発現

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA-seq ,  リード ,  シーケンス ,  深度