文献

J-GLOBAL ID：201802254461138359   整理番号：18A0792441

河口潮間帯堆積物の底生線虫群集のDNAバーコード化と形態学的同定:生物多様性評価のための分子ツールの進歩【JST・京大機械翻訳】

DNA Barcoding and Morphological Identification of Benthic Nematodes Assemblages of Estuarine Intertidal Sediments: Advances in Molecular Tools for Biodiversity Assessment

著者 (7件)： Avo Ana P. (Biology Department, MARE - Marine and Environmental Sciences Centre, University of Evora) ,  Daniell Tim J. (University of Sheffield, Western Bank) ,  Daniell Tim J. (The James Hutton Institute) ,  Neilson Roy (The James Hutton Institute) ,  Oliveira Solange (Laboratorio de Microbiologia do Solo, Departamento de Biologia, Instituto de Ciencias Agrarias e Ambientais Mediterranicas, Universidade de Evora) ,  Branco Jordana (Biology Department, MARE - Marine and Environmental Sciences Centre, University of Evora) ,  Adao Helena (Biology Department, MARE - Marine and Environmental Sciences Centre, University of Evora)
資料名： Frontiers in Marine Science (Web)  (Frontiers in Marine Science (Web))
巻： 4  ページ： 66  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7076A  ISSN： 2296-7745  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 海洋生態系の状態に関する懸念は,海洋水域における伝統的で新興の人間活動のために,部分的に増加し,生態系モニタリングを改善するための高い試料スループット能力を持つアプローチに対する需要を駆動する。線虫類は,生物多様性評価および陸上および海洋システムの生物モニタリングにおける指標種として既に使用されており,大規模生態学的調査および環境評価においてこれらの生物をさらに利用する機会を提供する分子アプローチを用いている。Mira河口(SW沿岸,ポルトガル)の河口堆積物に対する利用可能な線虫データセットに基づいて,分子マーカー18S rRNAとCOI遺伝子を用いて,この系の線虫群集の多様性を評価した。これらのアプローチを,線虫群集間の検証と比較を可能にする同じ試料の形態学的特性化からのvouche試料と比較した。線虫群集の密度と多様性の空間的および時間的変動性を,遺伝的特性化の検証と効率を可能にするために形態学的特性化に基づいて分析した。PCO配列プロットにより,PERMANOVA分析により確認されたサンプリング機会間の集合の明確な分離を示し,サンプリングサイト間に有意差は検出されなかったが,有意差を示した。形態学的特性化は,それぞれ26および25の異なる18S rRNAおよびCOI DNAバーコードのみが得られた50属を同定した。11の異なる属を表す形態学的に同定された標本の9%は,18S rRNAとCOI遺伝子の両方に対してDNAバーコードを成功裏に生成した。本研究は,18S rRNA遺伝子PCR増幅の成功が,34に対して増幅された43種を持つCOI遺伝子よりも高いことを確認した。本研究は,海洋線虫の既知の多様性と比較すると,データベースにおける両標的に対する利用可能な配列の限界を強調する。本研究の遺伝子配列はデータベースを豊かにし,18S rRNAとCOI遺伝子に対する7から16の新しい属の遺伝子配列に寄与した。遺伝子配列のロバストなデータベースは,海洋評価と監視プログラムに適用されるロバストな高サンプルスループット技術の開発のための必要条件である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  データベース ,  *線虫類 ,  *生物多様性 ,  *河口 ,  海洋 ,  キャラクタリゼーション ,  経時変化 ,  rRNA ,  遺伝子 ,  生態学 ,  *モルフォロジー ,  PCR法 ,  生態系
準シソーラス用語： 18S rRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 底生線虫 ,  DNAバーコーディング ,  良い環境状態(GES) ,  生物多様性評価 ,  COI ,  分子モニタリング ,  18S rRNA

分類 (4件)： 生態系  (EE01040P) ,  自然保護  (SB06000L) ,  動物に対する影響  (EE04040K) ,  海洋汚濁  (SB02040B)

タイトルに関連する用語 (11件)： 河口 ,  潮間帯堆積物 ,  線虫 ,  群集 ,  DNAバーコード化 ,  形態学 ,  同定 ,  生物多様性 ,  評価 ,  分子 ,  ツール