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J-GLOBAL ID：201802254570395419   整理番号：18A1296405

トランスクリプトーム配列決定から誘導されたマイクロサテライトによる魚Piaractus brbracomusの遺伝的特性化【JST・京大機械翻訳】

Genetic Characterization of the Fish Piaractus brachypomus by Microsatellites Derived from Transcriptome Sequencing

著者 (9件)： Jorge Paulo H. (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University) ,  Mastrochirico-Filho Vito A. (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University) ,  Hata Milene E. (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University) ,  Mendes Natalia J. (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University) ,  Ariede Raquel B. (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University) ,  Freitas Milena Vieira de (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University) ,  Vera Manuel (Veterinary Faculty, University of Santiago de Compostela) ,  Porto-Foresti Fabio (School of Sciences, Sao Paulo State University) ,  Hashimoto Diogo T. (Aquaculture Center of Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho, Sao Paulo State University)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 9  ページ： 46  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pirapitinga,Piaractus brachomus(Characiforme,Serrasalmid)はアマゾン盆地からの魚であり,南米における水産養殖生産において使用される主要な在来種の1つと考えられている。本研究の目的は以下の通りである。(1)NGSによるpirapitingaの肝臓トランスクリプトーム配列決定を行い,この種に対するマイクロサテライトマーカーのセットを検証した。そして,(2)養殖された資源における遺伝的変動性の分析のために多形性マイクロサテライトを使用すること。トランスクリプトーム配列決定はRoche/454技術を通して実行された。それは3,696の非冗長なコンティグをもたらした。この合計のうち,2,568のコンティグは,非冗長(nr)蛋白質データベース(Genbank)で類似性を有し,2,075の配列は遺伝子オントロジー(GO)のカテゴリーで特徴付けられた。30のマイクロサテライト遺伝子座の検証過程の後,8つのマーカーは多型を示した。養殖された株におけるこれらの多形マーカーの分析は,ブラジル北部からの魚農場がブラジル南東部からの魚農場よりも高い遺伝的多様性を有することを明らかにした。AMOVAは,変動の最も高い割合が個体群内で示されたことを示した。しかし,異なるグループ(1:野生;2:北魚農場;3:南東魚農場)を比較すると,グループ間のかなりの変動が観察された。F_ST値は,ブラジルの異なる地域からのbro株間の遺伝的構造の発生を示した。この非モデル種における生物学的研究のための重要な遺伝資源を提供し,マイクロサテライトデータをブラジルにおける育種株の遺伝的管理のための枠組みとして用いることができ,遺伝的予備育種プログラムの基礎を提供する可能性がある。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 育種 ,  *遺伝 ,  南アメリカ ,  *トランスクリプトーム ,  類似性 ,  養殖 ,  ブラジル連邦共和国 ,  農場 ,  遺伝資源 ,  在来種 ,  個体群 ,  *マイクロサテライト ,  冗長性
準シソーラス用語： コンティグ ,  マイクロサテライトマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 水産養殖 ,  遺伝子構造 ,  NGS ,  ピラピチンガ ,  セラサルミダ

分類 (2件)： 魚類  (FH02020K) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： トランスクリプトーム ,  誘導 ,  マイクロサテライト ,  魚 ,  遺伝的特性化