迅速な時間依存性ChIPシーケンシング(TDCA)ソフトウェア

MYSCHYSHYN Mike; FARREN-DAI Marco; CHUANG Tien-Jui; VOCADLO David; VOCADLO David

文献

J-GLOBAL ID：201802254795841841 整理番号：18A0178200

迅速な時間依存性ChIPシーケンシング(TDCA)ソフトウェア

Software for rapid time dependent ChIP-sequencing analysis (TDCA)

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資料名：
巻： 18 号： Nov ページ： 18:521 (WEB ONLY) 発行年： 2017年11月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:クロマチン免疫沈降に続くDNAシーケンシング(ChIP-seq)および関連する方法は,クロマチン関連蛋白質のゲノムワイド分布や,翻訳後エピジェネティックマーク,およびDNA塩基に見出される修飾を定義するために広く使用されている。注目されている分野は,時間分解的手法で行われる連続的ChIP-seq実験を使用することによって,そのような蛋白質およびマークの分布の時間依存変化を研究することである。このような時間分解的研究がますます一般的になっているにもかかわらず,頑強な自動化された方法でそのようなデータの分析を容易にするソフトウェアは限られている。結果:シグモイド曲線にフィッティングすることにより,時間依存ChIP-seqデータの解析を自動化する最初のプログラムである「Time-Dependent ChIP-Sequencing Analyzer」(TDCA)というソフトウェアが設計された。2つのシミュレートされたデータセットを使用して,経時変化(TC)ChIP-seqデータをモデル化するためのTDCAの実験設計に関するガイダンスをユーザーに提供する。さらに,これらの研究で報告された主要な知見を正確に再現した3つの以前に発表されたTCデータセットの自動解析を示すことによって,このフィッティング戦略が広く適用可能であることを示す。これらのデータセットのそれぞれを使用して,TDCAを利用して単一の遺伝子座または座位の組のいずれかでの挙動を記載する直感的なパラメータをもたらすことによって,生物学的に関連する所見を容易に得ることができることを強調する。TDCAは,ユーザが定義した共通形質を共有する個々の遺伝子座または遺伝子座のいずれかでの挙動を記載する出版準備図形の形で,グラフィカル出力と結合された,ユーザ入力整列化DNA配列データのカスタマイズ可能な分析を可能にする。TDCAは,シーケンシングデータを標準的なバイナリアライメントマップ(BAM)ファイルとして,関心ある座位をブラウザ拡張データ(BED)ファイル形式として受容する。結論:TDCAは,TC ChIP-seq研究または概念的に関連するTCシーケンシング実験から,遺伝子座におけるシーケンシングのリードまたはカバレッジの数を正確にモデル化する。TC実験は,生物学的に関連するデータ分析を容易にする直感的なパラメトリック値,およびクロマチンの時間依存性挙動の変動の解明のために減少される。TDCAは,TC ChIP-seq実験の解析を自動化し,研究者が類似の挙動を有する特定の遺伝子座または遺伝子座群について生データおよびモデル化データを容易に取得することを可能にし,同時にゲノミクス分野におけるTCデータのデータ分析の一貫性を高める。(翻訳著者抄録)

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遺伝子操作 , 分子・遺伝情報処理

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