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J-GLOBAL ID：201802254935988267   整理番号：18A1611212

Pseudomonas spp.のゲノムに基づく進化史【JST・京大機械翻訳】

Genome-based evolutionary history of Pseudomonas spp

著者 (14件)： Hesse Cedar (US Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Horticultural Crops Research Laboratory, Corvallis, OR, USA) ,  Schulz Frederik (US Department of Energy, Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, USA) ,  Bull Carolee T. (Department of Plant Pathology and Environmental Microbiology, Penn State, University Park, PA, USA) ,  Shaffer Brenda T. (US Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Horticultural Crops Research Laboratory, Corvallis, OR, USA) ,  Yan Qing (Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University, Corvallis, OR, USA) ,  Shapiro Nicole (US Department of Energy, Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, USA) ,  Hassan Karl A. (School of Environmental and Life Sciences, The University of Newcastle, Callaghan, NSW, Australia) ,  Varghese Neha (US Department of Energy, Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, USA) ,  Elbourne Liam D. H. (Department of Molecular Sciences, Macquarie University, NSW, Australia) ,  Paulsen Ian T. (Department of Molecular Sciences, Macquarie University, NSW, Australia) ,  Kyrpides Nikos (US Department of Energy, Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, USA) ,  Woyke Tanja (US Department of Energy, Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, USA) ,  Loper Joyce E. (US Department of Agriculture, Agricultural Research Service, Horticultural Crops Research Laboratory, Corvallis, OR, USA) ,  Loper Joyce E. (Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University, Corvallis, OR, USA)
資料名： Environmental Microbiology  (Environmental Microbiology)
巻： 20  号： 6  ページ： 2142-2159  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2561A  ISSN： 1462-2912  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pseudomonasは,ガンマプロテオバクテリアの大規模で多様な属である。これらの細菌の進化的および分類学的関係の発見のための枠組みを提供するために,著者らは,ここで配列決定された118のゲノムを含む,163の種のタイプ株とPseudomonasの3つの追加亜種のゲノムを比較した。100個の単一コピーオーソログ遺伝子の蛋白質配列に基づく166型株の最大尤度系統発生は,13グループのPseudomonasを明らかにし,それぞれ2~63種の3種から成った。一対平均ヌクレオチド同一性とアラインメント画分を,166型株のデータセットと公開データベースで利用可能なPseudomonasの1224ゲノムについて計算した。結果は,1224のゲノムの394がいかなるタイプの株とも異なっていることを明らかにし,タイプ株が属のゲノム多様性の一部を表すことを示唆した。Pseudomonasのコアゲノムは,主にハウスキーピング機能を付与する794の遺伝子を含むと決定された。本研究の結果は,分類と系統発生的関係を解決し,新しい遺伝子機能と表現型を同定し,Pseudomonas spp.の生態学的および代謝的可能性を調査することを目的とした将来の研究のための系統的枠組みを提供する。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 表現型 ,  代謝 ,  生態学 ,  系統発生 ,  ヌクレオチド ,  最尤法 ,  *ゲノム ,  アラインメント ,  アミノ酸配列 ,  データベース ,  *Pseudomonas ,  遺伝子
準シソーラス用語： 亜種 ,  分類学 ,  γプロテオバクテリア綱 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： Pseudomonas ,  SPP ,  ゲノム ,  進化史