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J-GLOBAL ID：201802257080178918   整理番号：18A0921002

極値における系統ゲノム推論: マイコヘテロトロフのプラストソームによる事例研究【JST・京大機械翻訳】

Phylogenomic inference in extremis: A case study with mycoheterotroph plastomes

著者 (16件)： Lam Vivienne K. Y. (Department of Botany, University of British Columbia, 6270 University Boulevard, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Lam Vivienne K. Y. (UBC Botanical Garden & Centre for Plant Research, University of British Columbia, 6804 Marine Drive SW, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Darby Hayley (Department of Botany, University of British Columbia, 6270 University Boulevard, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Darby Hayley (UBC Botanical Garden & Centre for Plant Research, University of British Columbia, 6804 Marine Drive SW, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Merckx Vincent S. F. T. (Naturalis Biodiversity Center, Vondellaan 55, 2332 AA, Leiden, The Netherlands) ,  Lim Gwynne (The New York Botanical Garden, Pfizer Plant Research Laboratory, 2900 Southern Boulevard, Bronx, NY, 10458, USA) ,  Lim Gwynne (L. H. Bailey Hortorium, Section of Plant Biology, Cornell University, 412 Mann Library Building, Ithaca, NY, 14853, USA) ,  Yukawa Tomohisa (Tsukuba Botanical Garden, National Science Museum, Tsukuba, Japan) ,  Neubig Kurt M. (Department of Plant Biology, Southern Illinois University, Carbondale, IL, 62901, USA) ,  Abbott J. Richard (Missouri Botanical Garden, P.O. Box 299, St. Louis, MO, 63166-0299, USA) ,  Beatty Gemma E. (Institute of Biological, Environmental& Rural Sciences (IBERS), Aberystwyth University, Aberystwyth, Ceredigion, SY23 3EE, UK) ,  Provan Jim (Institute of Biological, Environmental& Rural Sciences (IBERS), Aberystwyth University, Aberystwyth, Ceredigion, SY23 3EE, UK) ,  Soto Gomez Marybel (Department of Botany, University of British Columbia, 6270 University Boulevard, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Soto Gomez Marybel (UBC Botanical Garden & Centre for Plant Research, University of British Columbia, 6804 Marine Drive SW, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Graham Sean W. (Department of Botany, University of British Columbia, 6270 University Boulevard, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada) ,  Graham Sean W. (UBC Botanical Garden & Centre for Plant Research, University of British Columbia, 6804 Marine Drive SW, Vancouver, British Columbia, V6T 1Z4, Canada)
資料名： American Journal of Botany  (American Journal of Botany)
巻： 105  号： 3  ページ： 480-494  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0479A  ISSN： 0002-9122  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 結論:色素体ゲノム(プラストソーム)に基づくそれらを含む多数の遺伝子を用いた系統ゲノム研究は一般的になっている。ミコ従属栄養菌(炭素を含む必須栄養素に対する根関連菌類に依存する)のような非光合成植物は,高い割合のプラストソーム進化,実質的なゲノム減少,あるいは両方を有する傾向がある。従って,Mycheterotroph platomesは,極端な条件が系統ゲノムの推論にどのように影響するかを調べるための優れた試験事例を提供する。【方法】:著者らは,公表されたおよび新たに完成したプラストムからの蛋白質コード化遺伝子セットの節約および尤度分析を用いて,真菌共生が進化した10被子植物ファミリーからの分類群の系統発生的配置を推論した。重要な結果:高い置換率を反映する複数の非常に長い分岐にもかかわらず,DNAに基づく尤度分析における多くの真菌従属栄養系統の推定系統発生的位置は,他の研究と良く支持され,一致した。アミノ酸に基づく尤度配置はDNAに基づく推論と広く一致しているが,極端に高い分類群は弱い支持にもかかわらず予想外の場所を持つ可能性がある。対照的に,節約分析は,多くの遠く関連した菌類従属栄養性単子葉植物間の長枝誘引により強く誤っている。【結論】:真菌従属栄養性プラストソームは,置換率を上げることができ,ゲノム減少がまばらな遺伝子回復をもたらすことができるので,系統発生的推論のための挑戦的な事例を提供する。それにもかかわらず,多様な尤度フレームワークは,最近の系統発生学的研究および被子植物の広い分類と一致して,真菌従属栄養菌の一般的に支持され,相互に調和した系統発生的位置を提供する。ファミリー内の平行光合成損失の以前の予測は,Burmanniaceae,Ericaceae,GentianaceaeおよびOrchidaceaeに対して支持されている。BurmanniaceaeとThismiaceaeは,Dioscoreにおける単一ファミリーとして結合しなければならない。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 系統発生 ,  被子植物 ,  *事例研究 ,  *ゲノム ,  従属栄養 ,  光合成 ,  符号化 ,  アミノ酸 ,  タンパク質 ,  DNA【核酸】 ,  置換率 ,  真菌類
準シソーラス用語： 分類群 ,  尤度 ,  ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： コルシカ科 ,  不完全多重遺伝子アラインメント ,  イリドイド科 ,  長分岐吸引 ,  真菌症 ,  ラン科 ,  Petrosaviaceae ,  光合成損失 ,  ポリガgal科 ,  Triuridaceae

分類 (3件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  植物分類学  (EH01030N) ,  植物形態学・解剖学  (EH01040Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 極値 ,  系統 ,  ゲノム ,  推論 ,  研究