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J-GLOBAL ID：201802257115478223   整理番号：18A1782509

植物ゲノムにおける高スループットトランスクリプトームおよび遺伝子空間精密化のための‘transeQ′3′末端配列決定法【JST・京大機械翻訳】

The ‘TranSeq’ 3′-end sequencing method for high-throughput transcriptomics and gene space refinement in plant genomes

著者 (23件)： Tzfadia Oren (Center for Plant Systems Biology, VIB, Ghent, Belgium) ,  Tzfadia Oren (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Tzfadia Oren (Bioinformatics Institute Ghent, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Bocobza Samuel (Department of Plant and Environmental Sciences, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) ,  Defoort Jonas (Center for Plant Systems Biology, VIB, Ghent, Belgium) ,  Defoort Jonas (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Defoort Jonas (Bioinformatics Institute Ghent, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Almekias-Siegl Efrat (Department of Plant and Environmental Sciences, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) ,  Panda Sayantan (Department of Plant and Environmental Sciences, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) ,  Levy Matan (Department of Plant and Environmental Sciences, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) ,  Storme Veronique (Center for Plant Systems Biology, VIB, Ghent, Belgium) ,  Storme Veronique (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Storme Veronique (Bioinformatics Institute Ghent, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Rombauts Stephane (Center for Plant Systems Biology, VIB, Ghent, Belgium) ,  Rombauts Stephane (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Rombauts Stephane (Bioinformatics Institute Ghent, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Jaitin Diego Adhemar (Department of Immunology, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) ,  Keren-Shaul Hadas (Department of Immunology, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel) ,  Van de Peer Yves (Center for Plant Systems Biology, VIB, Ghent, Belgium) ,  Van de Peer Yves (Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Van de Peer Yves (Bioinformatics Institute Ghent, Ghent University, Ghent, Belgium) ,  Van de Peer Yves (Genomics Research Institute (GRI), University of Pretoria, Pretoria, 0028, South Africa) ,  Aharoni Asaph (Department of Plant and Environmental Sciences, Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 96  号： 1  ページ： 223-232  発行年： 2018年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ハイスループットRNA配列決定は遺伝子発現を探索するだけでなく,遺伝子予測とゲノムアノテーションの両方に対しても貴重であることが証明されている。しかし,数十または数百の試料について行われたRNA配列決定は,微小RNA量を用いた容易で費用対効果の高い試料調製法を必要とする。ここでは,現在のトランスクリプトーム法より10~20倍少ない配列読み取りを必要とするハイスループット3′末端配列決定法,Transeqを提示する。Transeqはコストを大幅に低減し,単一実験で分析したサンプルセットのサイズをより大きく増加させることができる。さらに,これまでに報告された他の3′末端配列決定法と比較して,本研究ではTranseqの信頼性と即時適用性を示し,正確なトランスクリプトームプロファイルを提供するだけでなく,高配列類似性を有する特異的遺伝子ファミリーメンバーの正確な発現測定も行うことを示した。これは標準RNA-seq法において達成することが困難であり,そこでは配列が全転写物をカバーする。さらに,参照トマトゲノムへのTranseq読み取りのマッピングは,既存の遺伝子モデルの>45%を改善する新しい転写物のアノテーションを容易にした。したがって,Transeqを用いることは,大規模トランスクリプトーム分析を促進し,モデルおよび非モデル植物種の両方において,遺伝子発現データの空間的および時間的分解能を増加させることが期待される。さらに,トマト(ITAG3.0;www.solgenics.net)に対して既に実施されているように,著者らは,現在および将来のゲノムアノテーションへのその統合を強く提唱している。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 信頼性 ,  予測 ,  分解能 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  トマト ,  *ゲノム ,  試料調製 ,  モデル ,  *精密化 ,  遺伝子発現 ,  アノテーション ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： *ハイスループット ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： transeQ ,  RNA-seq ,  トマト ,  パラログ遺伝子 ,  ゲノムアノテーション ,  技術進歩

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 植物 ,  ゲノム ,  高スループット ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子 ,  精密化