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J-GLOBAL ID：201802257687068997   整理番号：18A1213359

細胞型特異的代謝フラックス分析:代謝表現型と植物における潜在的解決への挑戦【JST・京大機械翻訳】

Cell-Type Specific Metabolic Flux Analysis: A Challenge for Metabolic Phenotyping and a Potential Solution in Plants

著者 (5件)： Rossi Merja T. (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford OX1 3RB, UK) ,  Kalde Monika (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford OX1 3RB, UK) ,  Srisakvarakul Chaiyakorn (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford OX1 3RB, UK) ,  Kruger Nicholas J. (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford OX1 3RB, UK) ,  Ratcliffe R. George (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford OX1 3RB, UK)
資料名： Metabolites (Web)  (Metabolites (Web))
巻： 7  号： 4  ページ： 59  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7243A  ISSN： 2218-1989  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 安定同位体標識実験は,細胞と組織の代謝表現型を決定するために,代謝フラックス分析(MFA)で日常的に使用されている。多細胞生物におけるトランスクリプトーム,プロテオームおよびメタボロームの単一細胞測定は,代謝表現型が細胞型間で異なることを示唆するため,多細胞系において合併症が生じる。模擬代謝産物アイソトポマーデータセットのin silico分析は,細胞不均一性が,複数の細胞型にわたり平均化された標識データが必ずしも平均フラックス値を生じないので,従来のMFAを混乱させることを示した。細胞型特異的標識データ源としての細胞型特異的レポーター蛋白質の利用を提案し,Arabidopsis thaliana実生の根におけるこの戦略の実行の実用性を調べた。GFP結合ナノボディを用いたArabidopsis thaliana実生からの生態学的に発現した緑色蛍光蛋白質(GFP)の免疫精製のためのプロトコルを開発し,蛋白質加水分解物のGC-MS分析により,構成的に発現したGFPが根組織の全蛋白質の標識に正確に報告することを確立した。GFPの構成的発現は代謝を撹乱しないことも示した。細胞型特異的GFP発現を伴う組織における方法の実施に対する主な障害は,GC-MSシステムの感度である。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 緑色蛍光タンパク質 ,  トランスクリプトーム ,  不均一性 ,  *表現型 ,  *代謝 ,  Arabidopsis ,  プロテオーム ,  実生 ,  Arabidopsis thaliana ,  GC-MS分析 ,  代謝産物
準シソーラス用語： in silico ,  単一細胞 ,  メタボローム ,  *細胞型 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： Arabidopsis thaliana ,  細胞分化 ,  緑色蛍光蛋白質(GFP) ,  代謝フラックス分析 ,  代謝表現型 ,  一次代謝 ,  レポーター蛋白質 ,  システム生物学

分類 (2件)： 代謝と栄養  (EG03054K) ,  物質の代謝  (EH02050Q)

引用文献 (52件)：

• Ratcliffe, R.G.; Shachar-Hill, Y. Revealing metabolic phenotypes in plants: Inputs from NMR analysis. Biol. Rev. 2005, 80, 27-43.
• Kruger, N.J.; Ratcliffe, R.G. Fluxes through plant metabolic networks: Measurements, predictions, insights and challenges. Biochem. J. 2015, 465, 27-38.
• Ratcliffe, R.G.; Shachar-Hill, Y. Measuring multiple fluxes through plant metabolic networks. Plant J. 2006, 45, 490-511.
• Wiechert, W.; Möllney, M.; Petersen, S.; de Graaf, A.A. A universal framework for 13C metabolic flux analysis. Metab. Eng. 2001, 3, 265-283.
• Masakapalli, S.K.; Le Lay, P.; Huddleston, J.E.; Pollock, N.L.; Kruger, N.J.; Ratcliffe, R.G. Subcellular flux analysis of central metabolism in a heterotrophic Arabidopsis cell suspension using steady-state stable isotope labeling. Plant Physiol. 2010, 152, 602-619.

タイトルに関連する用語 (5件)： 細胞型 ,  代謝フラックス分析 ,  代謝 ,  表現型 ,  植物