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J-GLOBAL ID：201802257772803833   整理番号：18A0196089

OpenCLを用いたIntel FPGA上での陰的同期化を有する高性能ストリーミングSmith-Waterman実装【Powered by NICT】

High Performance Streaming Smith-Waterman Implementation with Implicit Synchronization on Intel FPGA using OpenCL

著者 (3件)： Houtgast Ernst ,  Sima Vlad-Mihai ,  Al-Ars Zaid
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： BIBE  ページ： 492-496  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Smith-Watermanアルゴリズムは生物情報学で広く使用されているとFPGA性能のベンチマークとしてしばしば使用される。OpenCLを用いたIntel FPGAに関する著者らの高度に最適化されたSmith-Waterman実装を示した。筆者らの実装は他の電流Smith-Waterman実装よりも高速でより効率的である,214GCUPSの理論的性能を得た。,流動,この実装の陰的同期性質,配列の流れを曲げ,飛行中のアラインメントの数には関係なく配置するために,実際にこの性能の99.8%を達成し,以前の実装の三倍。OpenCLの表現力はコードの線の有意な減少を,規則的なハードウェア記述言語におけるプログラミングと比較して開発時間の著しい低減となった。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *FPGA ,  アラインメント ,  アルゴリズム ,  飛翔 ,  電流 ,  ハードウェア記述言語 ,  高速度 ,  ベンチマーク ,  最適化 ,  *ストリーミング
準シソーラス用語： 表現力 ,  バイオインフォマティクス ,  *OpenCL , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： OpenCL ,  FPGA ,  同期化 ,  高性能 ,  ストリーミング ,  実装