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J-GLOBAL ID：201802257980929555   整理番号：18A0491404

PLHINT:ドッキング溶液からの蛋白質-配位子界面での分子間水素結合相互作用に基づく知識駆動計算論的アプローチ【Powered by NICT】

PLHINT: A knowledge-driven computational approach based on the intermolecular H bond interactions at the protein-ligand interface from docking solutions

著者 (1件)： Kumar Sivakumar Prasanth (Molecular Biophysics Unit, Indian Institute of Science, Bangalore, India)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 79  ページ： 194-212  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 配位子の結晶近い立体配座を生成するためにドッキングスコアリング関数の傾向はドック姿勢における正確な結晶分子間接触を再現しない顔限界を蛋白質構造に結合した。蛋白質結合配位子界面で列挙し分子間水素結合接触はスコアリングモデルを訓練し,仮想スクリーニング性能を改善するために用いることができる。ドッキングプログラムの再現性効率ドッキング溶液からの結晶接触への拡張における蛋白質-リガンド水素結合の付加的知見を取り込むために必要である。計算アプローチPLHINT(蛋白質-リガンドH結合相互作用パターン)は天然様結合配位子姿勢から分子間H結合相互作用を抽出する此処に提示し,スコアリングスキームに変換し,データベース分子の仮想スクリーニング結果よりも適用した。PLHINTアプローチの基本的前提は,高回収率を達成するために高スコアとH結合パターン最も観察をスコア化した。十多様なDUD Eベンチマークデータセット上で試験したところ,アプローチは三遺伝的アルゴリズムに基づくドッキングプログラムすなわちにより生成された仮想スクリーニング結果に比べてより高い全体性能と配位子濃縮能力を実証した。AutoDock Vina,FlexAIDと植物。さらに,手法はより優れた濃縮不良とランダム仮想スクリーニング結果を成功裏に回収した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *水素結合 ,  再現性 ,  遺伝的アルゴリズム ,  *ドッキング ,  *界面 ,  タンパク質結合 ,  結晶 ,  データベース ,  *分子間水素結合 ,  *相互作用 ,  *タンパク質 ,  立体配座
準シソーラス用語： スコア ,  バーチャルスクリーニング ,  蛋白質構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： H結合 ,  蛋白質-リガンド相互作用 ,  結晶接触 ,  AutoDock vina ,  仮想スクリーニング ,  配位子濃縮

分類 (3件)： 薬物の研究法  (GV01020U) ,  酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W) ,  薬物の相互作用  (GV01070X)

タイトルに関連する用語 (9件)： ドッキング ,  溶液 ,  蛋白質 ,  配位子 ,  界面 ,  分子間水素結合 ,  相互作用 ,  知識 ,  計算