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J-GLOBAL ID：201802258227244665   整理番号：18A1937015

統合バイオインフォマティクスを用いた自己免疫疾患リスクにおけるmiR-1908-5pおよびmiR-3614-5pの潜在的役割の証拠【JST・京大機械翻訳】

Evidence for a potential role of miR-1908-5p and miR-3614-5p in autoimmune disease risk using integrative bioinformatics

著者 (4件)： Wohlers Inken (Luebeck Interdisciplinary Platform for Genome Analytics (LIGA), Institutes of Neurogenetics and Cardiogenetics, University of Luebeck, Luebeck, Germany) ,  Bertram Lars (Luebeck Interdisciplinary Platform for Genome Analytics (LIGA), Institutes of Neurogenetics and Cardiogenetics, University of Luebeck, Luebeck, Germany) ,  Bertram Lars (Dept of Psychology, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Lill Christina M. (Genetic and Molecular Epidemiology Group, Luebeck Interdisciplinary Platform for Genome Analytics (LIGA), Institutes of Neurogenetics and Cardiogenetics, University of Luebeck, Luebeck, Germany)
資料名： Journal of Autoimmunity  (Journal of Autoimmunity)
巻： 94  ページ： 83-89  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0754A  ISSN： 0896-8411  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムワイド関連研究(GWAS)は自己免疫疾患に対する多数の遺伝的リスク遺伝子座を同定している。しかし,これらの疾患関連の基礎となる機能的変異体はほとんど知られていない。マイクロRNAが仲介する調節がこの状況において重要な役割を果たしている可能性があるという証拠がある。したがって,自己免疫疾患遺伝子座が関連免疫細胞におけるマイクロRNA発現の変化を介してそれらの効果を折畳まないかどうかを評価した。この目的のために,RNA-Seqに基づくマイクロRNA発現データと自己免疫疾患リスク遺伝子座に関する情報を組み合わせるために,多くの大規模で公開可能なデータセットの包括的データ統合を行った。特異的に,345のリンパ芽球様細胞株の次世代配列決定データを用いて,12の自己免疫疾患に関連する115のGWAS領域にわたるマイクロRNA発現量的形質遺伝子座(eQTL)分析を行った。統計解析は,関連するGWASデータのマイクロRNA発現データとマイクロRNA標的遺伝子濃縮分析への最近提案されたフレームワーク(共同尤度マッピング)の応用と拡張を含んだ。全体として,自己免疫疾患リスク遺伝子座の少数のみが,JLIMに基づくマイクロRNA発現を変化させることにより,それらの病態生理学的効果を発揮する可能性がある。しかしながら,詳細な機能的微細マッピングは,マイクロRNA発現に有意な影響を有する自己免疫疾患リスクSNPを有する2つの独立したGWAS領域を明らかにした。これらはクローン病(CD;rs102275)と関節リウマチ(RA;rs968567)に関連するSNPと関連し,miR-1808-5pの発現に影響を及ぼす(p_rs102275=1.44e-20,p_rs968567=2.54e-14)。さらに,独立したCDリスクSNP,rs3853824はmiR-3614-5p(p=5.70e-7)の発現を変化させることが分かった。これらの知見を支持するために,RAとCDに対するGWASシグナルは,両マイクロRNAにより標的化されると予測される遺伝子に富むことを示した(全てp<0.05)。まとめると,著者らの研究は自己免疫におけるmiR-1,908-5pおよびmiR-3614-5pの潜在的な病態生理学的役割を指摘する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 関節リウマチ ,  統計解析 ,  遺伝子 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  *自己免疫病 ,  *自己免疫 ,  遺伝子発現 ,  病態生理 ,  RNA【核酸】 ,  ターゲティング ,  Crohn病
準シソーラス用語： 病態 ,  免疫細胞 ,  マイクロRNA ,  *バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： miRNA ,  遺伝子発現 ,  遺伝的関連 ,  免疫系 ,  免疫学 ,  免疫塩基

分類 (1件)： 免疫性疾患・アレルギー性疾患一般  (GD04010C)

タイトルに関連する用語 (7件)： 統合 ,  バイオインフォマティクス ,  自己免疫疾患 ,  リスク ,  MIR ,  役割 ,  証拠