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J-GLOBAL ID：201802258307529438   整理番号：18A0966249

計算証拠の使用のための臨床ガイドラインに従わない変異体に特異的な病原性予測因子の開発【JST・京大機械翻訳】

Development of pathogenicity predictors specific for variants that do not comply with clinical guidelines for the use of computational evidence

著者 (5件)： Campa Elena Alvarez (Research Unit in Translational Bioinformatics, Vall d’Hebron Institute of Research (VHIR), Universitat Autonoma de Barcelona, Barcelona, Spain) ,  Campa Elena Alvarez (Department of Molecular Genomics, Instituto de Biologia Molecular de Barcelona (IBMB), Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC), Barcelona, Spain) ,  Padilla Natalia (Research Unit in Translational Bioinformatics, Vall d’Hebron Institute of Research (VHIR), Universitat Autonoma de Barcelona, Barcelona, Spain) ,  Cruz Xavier (Research Unit in Translational Bioinformatics, Vall d’Hebron Institute of Research (VHIR), Universitat Autonoma de Barcelona, Barcelona, Spain) ,  Cruz Xavier (ICREA, Barcelona, Spain)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 5  ページ： 569  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Scritガイドラインは,in silicoツールのまだ中程度の精度のために,臨床設定における計算情報の使用を区切っている。これらのガイドラインは,いくつかのツールが常に使用されるべきであることを示し,それらの間の完全な一致は,医学的決定プロセスにおける証拠を支持する結果を考慮しなければならない場合に必要であることを示している。この簡単なルールの適用は,in silico病原性割当の誤差率を確実に減少させる。しかし,予測子がこのルールを不一致させると,多くの変種に対する潜在的に価値ある情報の排除をもたらす。本研究では,蛋白質配列のこれらの変異体に焦点を当て,それらのアノテーションの成功率を改善するために特異的予測因子を開発した。【結果】病原性予測因子が一致しないそれらの症例を同定するために,228の蛋白質から59,442の蛋白質配列変異体(15723の病理学的および43,719の中立)のセットを使用した。著者らは,5つの既知の方法(SIFT,Polyphen-2,PON-P2,CADDおよびMutationTaster2)のすべての可能な組合せのために,このプロセスを繰り返した。得られた各サブセットに対して,特定の病原性予測因子を訓練した。これらの特異的予測因子は,ランダムと異なる成功率で,中性と病原性変異体を識別できることを見出した。それらは構成的方法よりも優れている傾向があるが,この傾向は構成予測子の性能が改善される(例えばPON-P2およびPolyphen-2による)。また,特定の方法が標準的なコンセンサス法(CondelとCarol)よりも優れていることを見出した。【結論】既知の方法が一致しない変異体の事例に関する焦点開発努力は,改善された性能を有する病原性予測因子を得る可能性がある。臨床的設定におけるこの計算的証拠の使用を可能にする成功率に達していないが,アプローチの単純さは,より進歩した方法が近い将来にこの目標に到達する可能性があることを示している。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 病理学 ,  タンパク質 ,  アノテーション ,  *病原性 ,  アミノ酸配列 ,  部分集合
準シソーラス用語： 中性 ,  成功率 ,  予測子 ,  in silico ,  *予測因子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： in silico病原性予測因子 ,  蛋白質配列変異体 ,  分子診断 ,  ミスセンス変異体 ,  次世代シークエンシング

分類 (1件)： 医用情報処理  (JE15030Q)

引用文献 (45件)：

• Genome Biol; The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation; P Muir, S Li, S Lou, D Wang, DJ Spakowicz, L Salichos; 17; 2016; 53; 10.1186/s13059-016-0917-0; CR1;
• WIREs Comput Mol Sci; Prediction of pathological mutations in proteins: the challenge of integrating sequence conservation and structure stability principles; C Riera, S Lois, X Cruz; 4; 2014; 249-268; 10.1002/wcms.1170; CR2;
• Sunyaev SR. Inferring causality and functional significance of human coding dna variants. Hum Mol Genet. 2012;21
• Tchernitchko D, Goossens M, Wajcman H. In silico prediction of the deleterious effect of a mutation: Proceed with caution in clinical genetics. Clin Chem. 2004:1974-8.
• Annu Rev Genomics Hum Genet; Predicting the effects of amino acid substitutions on protein function; PC Ng, S Henikoff; 7; 2006; 61-80; 10.1146/annurev.genom.7.080505.115630; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： 計算 ,  証拠 ,  臨床 ,  ガイドライン ,  変異体 ,  病原性 ,  予測因子 ,  開発