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J-GLOBAL ID：201802258749884325   整理番号：18A1801872

ヒツジにおける主要胃腸線虫の絶対定量のための新規方法としての液滴ディジタルポリメラーゼ連鎖反応(DDPCR)【JST・京大機械翻訳】

Droplet digital polymerase chain reaction (ddPCR) as a novel method for absolute quantification of major gastrointestinal nematodes in sheep

著者 (4件)： Elmahalawy Safaa T. (Swedish University of Agricultural Sciences, Department of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health, Section for Parasitology, P.O. Box 7036, Uppsala, Sweden) ,  Halvarsson Peter (Swedish University of Agricultural Sciences, Department of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health, Section for Parasitology, P.O. Box 7036, Uppsala, Sweden) ,  Skarin Moa (Swedish University of Agricultural Sciences, Department of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health, Section for Parasitology, P.O. Box 7036, Uppsala, Sweden) ,  Hoglund Johan (Swedish University of Agricultural Sciences, Department of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health, Section for Parasitology, P.O. Box 7036, Uppsala, Sweden)
資料名： Veterinary Parasitology  (Veterinary Parasitology)
巻： 261  ページ： 1-8  発行年： 2018年 
JST資料番号： A1194A  ISSN： 0304-4017  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本論文では,放牧家畜の胃腸(GI)線虫寄生虫の重要な属の絶対定量のために,Droplet Digital ポリメラーゼ連鎖反応(ddPCR)に基づく新しいツールを初めて提示した。リボソームRNA遺伝子配列の内部転写スペーサー領域2(ITS2)を標的とするプライマー/プローブセットの4つの組み合わせを,共通データベースからダウンロードされた興味のある線虫からのヌクレオチド配列のin silico解析に従って,Primer3ソフトウェアを用いて設計した。増幅された領域は,任意の強い胃腸寄生虫の検出のための普遍的な領域と3つの異なる属特異的領域を含み,スウェーデンのヒツジの最も重要なGI線虫の間を区別することを可能にした。連続希釈と異なる種の成虫から抽出したゲノムDNAの異なる混合物を含む試料の分析は,QuantaSoftソフトウェアによる異なる閾値設定の評価に有用であることを証明した。これらの虫からの鋳型DNAの分析は,ddPCRが異なる属の検出と絶対定量化のための実行可能な選択であり,また複数の種を持つ試料においてもそうであることを示した。ddPCR結果の解釈は簡単で,分析法の選択は最終結果にほとんど影響しなかった。したがって,異なる分析法で得られた結果はロバストで,定量された濃度は均一であった。さらに,Haemonchus ddPCR分析の線形範囲はリアルタイムPCR(qPCR)のそれと類似していた。まとめると,著者らのデータはプールされたヒツジ糞便からの幼生培養で試験されたとき,3つの主要なヒツジ病原体の検出と絶対定量のためのddPCRの適合性を確認する。これらの結果は,ddPCRが糞便卵還元試験(FECRT)のような従来の卵計数法に基づく応用への有用な補完であることも示す。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 寄生虫 ,  リアルタイムPCR法 ,  培養 ,  *線虫類 ,  データベース ,  放牧 ,  定量的PCR法 ,  ロバスト性 ,  適応性 ,  プローブ ,  ヌクレオチド配列 ,  家畜 ,  DNA【核酸】 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： ゲノムDNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： strong ,  FecRT ,  QPCR ,  分子標的 ,  診断

分類 (5件)： 線虫による植物被害  (FC04073L) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子の複製  (EC02030F) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  動物分類学  (EJ01030T)

タイトルに関連する用語 (6件)： ヒツジ ,  線虫 ,  定量 ,  液滴 ,  ディジタル ,  ポリメラーゼ連鎖反応