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J-GLOBAL ID：201802259023449801   整理番号：18A0116854

pulver:線形回帰相互作用項のためのパラレル超高速p値計算のためのRパッケージ

pulver: an R package for parallel ultra-rapid p-value computation for linear regression interaction terms

著者 (31件)： MOLNOS Sophie (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  MOLNOS Sophie (German Center for Diabetes Res. (DZD)) ,  BAUMBACH Clemens (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  BAUMBACH Clemens (German Center for Diabetes Res. (DZD)) ,  WAHL Simone (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  WAHL Simone (German Center for Diabetes Res. (DZD)) ,  MUELLER-NURASYID Martina (Ludwig-Maximilians-Univ.) ,  MUELLER-NURASYID Martina (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  MUELLER-NURASYID Martina (LMU Munich) ,  MUELLER-NURASYID Martina (DZHK (German Centre for Cardiovascular Res.)) ,  STRAUCH Konstantin (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  STRAUCH Konstantin (LMU Munich) ,  WANG-SATTLER Rui (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  WALDENBERGER Melanie (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  MEITINGER Thomas (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  MEITINGER Thomas (Technische Univ. Muenchen) ,  ADAMSKI Jerzy (German Center for Diabetes Res. (DZD)) ,  ADAMSKI Jerzy (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  ADAMSKI Jerzy (Technical Univ. Munich) ,  KASTENMUELLER Gabi (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  KASTENMUELLER Gabi (Kings Coll.) ,  SUHRE Karsten (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  SUHRE Karsten (Weill Cornell Medical Coll. in Qatar) ,  PETERS Annette (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  PETERS Annette (German Center for Diabetes Res. (DZD)) ,  GRALLERT Harald (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  GRALLERT Harald (German Center for Diabetes Res. (DZD)) ,  THEIS Fabian J. (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  THEIS Fabian J. (Technische Universitat Muenchen) ,  GIEGER Christian (Helmholtz Zentrum Muenchen) ,  GIEGER Christian (German Center for Diabetes Res. (DZD))
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Sept  ページ： 18:429 (WEB ONLY)  発行年： 2017年09月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ゲノムワイドの関連研究により,複雑な疾患の遺伝学的情報を理解することができる。ヒト代謝は,疾患を引き起こすメカニズムに関する情報を提供するので,遺伝的変異と代謝産物レベルとの間の関連性を調査するのが通常である。しかし,遺伝的変異およびその形質に与える影響のみを考慮することは,異なる「オミックス」層の間の可能な相互作用を無視することにつながる。既存のツールは一塩基多型(SNP)-SNP相互作用のみを考慮しており,任意の量的変数の対間の相互作用の大規模な調査には実用的なツールはない。結果:著者らは非常に多数の線形回帰モデルで相互作用項のp値を計算するためにpulverというRパッケージを開発した。シミュレートされたデータに基づく比較は,pulverが既存のツールよりもはるかに高速であることを示した。これは,ヌル仮説をテストするために相関係数を使用することによって達成され,それにより,逆算の高価な計算を回避する。追加のトリックは,異なる「オミックス」層を反復処理し,このアルゴリズムを高速プログラミング言語C++で実装するときの,オーダーの並べ替えである。さらに,著者らのアルゴリズムをドイツのKORA研究からのデータに適用して,DNAメチル化や,遺伝子変異および代謝産物レベルの間の相互作用を含む実際の問題を調査した。結論:pulverパッケージは,任意の対の量的変数において重要な相互作用項について膨大な数の線形回帰モデルをスクリーニングするための便利で迅速なツールである。pulverはRとC++で書かれており,https://cran.r-project.org/web/packages/pulver/でCRANから自由にダウンロードできる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： ゲノムワイド関連解析 ,  *病気 ,  回帰モデル ,  相互作用 ,  分子生物学 ,  メチル化 ,  DNA【核酸】 ,  *遺伝子変異 ,  *代謝産物 ,  *プログラムパッケージ ,  一塩基多型 ,  ヌクレオチド配列 ,  プログラミング言語
準シソーラス用語： CpG ,  DNAメチル化 ,  Rパッケージ ,  オミックス ,  線形回帰モデル

分類 (3件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  医学総論一般  (GC01000T) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 線形回帰 ,  相互作用 ,  パラレル ,  超高速 ,  p値 ,  計算 ,  Rパッケージ