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J-GLOBAL ID：201802259567859643   整理番号：18A1480659

OpenMPタスクを用いたCORIスーパーコンピュータで効率的に実行するためのHMMER3の修正【JST・京大機械翻訳】

Modifying HMMER3 to Run Efficiently on the Cori Supercomputer Using OpenMP Tasking

著者 (1件)： Arndt William
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2018  号： IPDPSW  ページ： 239-246  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HMMER3は,国家エネルギー研究科学計算センターに収容されているシステムにおいて,重要な体積で使用される生物学的配列探索一式である。この重い利用により,HMMER3は,Coriスーパーコンピュータで利用可能なマンコアアーキテクチャKnigs LandingプロセッサのようなHPC環境で利用可能な資源を利用することを明らかにした。厳密な性能解析の後,HMMER3のスレッドアーキテクチャがスループットと効率を増加させるための最も有望な最適化目標であることを決定した。リファクタリング努力により,OpenMPタスクに基づくスレッド設計,ワークステアリングによる不均衡計算に対応する能力,および大量の冗長パージングを除去するための入力バッファを導入した。これらの努力は,1年以上にわたるCoriの生産において実施されてきた。その際に,ワークフローにおけるHMMER3の使用のための最良の実践を単純化し,数千のCPU時間を保存した。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 構文分析 ,  冗長性 ,  性能分析 ,  最適化 ,  簡素化 ,  ワークフロー ,  工作物 ,  演算プロセッサ ,  CPU時間 ,  スレッド ,  *スーパコンピュータ ,  スループット ,  計算機アーキテクチャ
準シソーラス用語： 不均衡 ,  リファクタリング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (3件)： OpenMP ,  タスク ,  スーパーコンピュータ