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J-GLOBAL ID：201802259935514371   整理番号：18A0965419

遺伝子型決定を用いたズッキーニにおける果実関連形質のSNPに基づく飽和遺伝地図とQTL分析【JST・京大機械翻訳】

An SNP-based saturated genetic map and QTL analysis of fruit-related traits in Zucchini using Genotyping-by-sequencing

著者 (8件)： Montero-Pau Javier (Institute for the Conservation and Breeding of Agricultural Biodiversity (COMAV-UPV), Universitat Politecnica de Valencia, Valencia, Spain) ,  Blanca Jose (Institute for the Conservation and Breeding of Agricultural Biodiversity (COMAV-UPV), Universitat Politecnica de Valencia, Valencia, Spain) ,  Esteras Cristina (Institute for the Conservation and Breeding of Agricultural Biodiversity (COMAV-UPV), Universitat Politecnica de Valencia, Valencia, Spain) ,  Martinez-Perez Eva Ma. (Institute for the Conservation and Breeding of Agricultural Biodiversity (COMAV-UPV), Universitat Politecnica de Valencia, Valencia, Spain) ,  Gomez Pedro (Instituto de Investigacion y Formacion Agraria y Pesquera (IFAPA). Area de Mejora y Biotecnologia de cultivos. Camino San Nicolas 1, La Mojonera, Spain) ,  Monforte Antonio J. (Instituto de Biologia Molecular y Celular de Plantas (IBMCP), Universitat Politecnica de Valencia (UPV)-Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC), Ciudad Politecnica de la Innovacion (CPI), Valencia, Spain) ,  Canizares Joaquin (Institute for the Conservation and Breeding of Agricultural Biodiversity (COMAV-UPV), Universitat Politecnica de Valencia, Valencia, Spain) ,  Pico Belen (Institute for the Conservation and Breeding of Agricultural Biodiversity (COMAV-UPV), Universitat Politecnica de Valencia, Valencia, Spain)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 94  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Cucurbita pepoは世界中で経済的に重要性を増している。zucchini形態型は,この非常に多様な種の中で最も重要である。最近,トランスクリプトームおよび単純配列反復(SSR)および単一ヌクレオチド多型(SNP)に基づく培地密度マップが報告されているが,種における効率的な分子育種にはさらなるゲノムツールが必要である。本研究の目的は,現在利用可能な完全トランスクリプトームとZucchiniゲノム配列を,高スループット遺伝子タイピング法,マッピング集団発生および広範囲表現型と組み合わせて,この種におけるゲノム研究の進歩を容易にすることである。【結果】著者らは,サブ特異的交雑Zucchinix x Scallop(ssp. pepo x ssp. ovifera)から開発されたRIL個体群の遺伝子型ごとの分析を報告する。数千のSNPマーカーが同定され,遺伝子型決定され,それに続いて,全ゲノムの2,817.6cMをカバーする7718SNP(平均386マーカー/連鎖群)に基づく高密度連鎖地図の構築が行われた。これは以前の地図に関して大きな改善である。3つの環境からのRIL集団から得られた表現型データを用いてQTL解析を行った。全体として,15のLGにおける33の独立した位置に分布する多重環境分析に基づいて,ブドウ,開花および果実品質形質に対する48の一貫したQTLが検出され,各QTLは表現型分散の1.5~62.9%を説明した。表現型変異の20%以上を説明できる8つの主要QTLが検出され,根底にある候補遺伝子が同定された。結論:著者らは,物理地図に固定された種における最初のSNP飽和マップを報告する。さらに,初期開花,果実形状および長さに関連するいくつかの一貫したQTL,およびそれらに対する候補遺伝子と同様に,果皮および果肉色を報告した。この情報はC.pepoにおける分子育種を強化し,研究したQTLの基礎となる遺伝子クローニングを支援し,カボチャにおける研究過程の遺伝的基礎を明らかにする助けとなる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 形態 ,  トランスクリプトーム ,  一塩基多型 ,  *遺伝 ,  ゲノム ,  交雑 ,  遺伝子クローニング ,  *遺伝子型 ,  連鎖地図 ,  開花 ,  *遺伝子地図 ,  表現型
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  分子育種 ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Cucurbita Pepo ,  RIL ,  GBS ,  地図作成 ,  表現型 ,  候補遺伝子

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (80件)：

• FAOSTAT 2015.http://www.fao.org/faostat/en/#data/QC. Accessed 1 Apr 2016.
• J Plant Growth Regul; Involvement of ethylene biosynthesis and signalling in the transition from male to female flowering in the monoecious Cucurbita pepo; S Manzano, C Martínez, Z Megias, D Garrido, M Jamilena; 32; 4; 2013; 789-798; 10.1007/s00344-013-9344-6; CR2;
• Euphytica; Sources of parthenocarpy for Zucchini breeding: relationship with ethylene production and sensitivity; C Martínez, S Manzano, Z Megias, D Garrido, B Pico, M Jamilena; 200; 3; 2014; 349-362; 10.1007/s10681-014-1155-8; CR3;
• Can J Bot; Genealogy and gene flow among annual domesticated species of Cucurbita; DS Decker-Walters, TW Walters, U Posluszny, PG Kevan; 68; 1990; 782-789; 10.1139/b90-104; CR4;
• Genet Resour Crop Evol; Genetic relationships in Cucurbita pepo (pumpkin, squash, gourd) as viewed with high frequency oligonucleotide-targeting active gene (HFO-TAG) markers; HS Paris, A Doron-Faigenboim, UK Reddy, R Donahoo, A Levi; 62; 2015; 1095-1111; 10.1007/s10722-015-0218-6; CR5;

タイトルに関連する用語 (9件)： 遺伝子型決定 ,  ズッキーニ ,  果実 ,  形質 ,  SNP ,  飽和 ,  遺伝地図 ,  QTL ,  分析